IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 46 46 45
ANN 4.0 68 68 68
ARB 24 25 24
IEDB Consensus 59 55 62
NetMHCcons 64 57 70
NetMHCpan 2.8 61 61 60
NetMHCpan 3.0 59 59 59
NetMHCpan 4.0 BA - - -
NetMHCpan 4.0 EL - - -
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 46 45 46
SMM 40 40 40
SMMPMBEC 40 40 41
mhcflurry 1.2.0 86 87 85

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026840   HLA-A*02:01   9   357   76   binary   0.547   0.886   0.575   0.906   0.564   0.898   0.582   0.914   0.571   0.907   0.576   0.906   0.574   0.905   -   -   -   -   -   -   -   -   0.553   0.890   0.568   0.900   0.567   0.900   0.580   0.909 
 1026840   HLA-A*02:01   9   24   14   ic50   0.265   0.593   0.330   0.636   0.402   0.693   0.187   0.561   0.321   0.650   0.340   0.671   0.375   0.664   -   -   -   -   -   -   -   -   0.381   0.679   0.327   0.636   0.287   0.614   0.467   0.714 
 1026840   HLA-A*02:01   9   24   7   t1/2   0.321   0.689   0.411   0.765   0.447   0.706   0.279   0.706   0.402   0.723   0.439   0.739   0.479   0.756   -   -   -   -   -   -   -   -   0.387   0.672   0.382   0.748   0.350   0.731   0.479   0.748 
 1026840   HLA-A*24:02   9   357   49   binary   0.438   0.868   0.431   0.861   0.404   0.836   0.421   0.859   0.444   0.880   0.444   0.873   0.434   0.864   -   -   -   -   -   -   -   -   0.409   0.846   0.405   0.839   0.401   0.837   0.428   0.859 
 1026840   HLA-A*24:02   9   20   12   ic50   0.209   0.635   0.229   0.646   0.046   0.500   0.368   0.760   0.200   0.656   0.209   0.667   0.296   0.729   -   -   -   -   -   -   -   -   0.450   0.802   0.400   0.771   0.381   0.781   0.390   0.792 
 1026840   HLA-A*30:01   9   349   8   binary   0.141   0.771   0.169   0.825   0.108   0.708   0.122   0.786   0.152   0.816   0.160   0.809   0.157   0.802   -   -   -   -   -   -   -   -   0.127   0.765   0.151   0.791   0.147   0.824   0.214   0.912 
 1026840   HLA-A*30:02   9   360   109   binary   0.403   0.753   0.396   0.749   0.249   0.661   0.399   0.753   0.435   0.775   0.425   0.767   0.447   0.781   -   -   -   -   -   -   -   -   0.403   0.756   0.361   0.728   0.346   0.718   0.518   0.826 
 1026840   HLA-A*30:02   9   56   35   ic50   0.134   0.601   0.030   0.536   0.269   0.661   0.078   0.567   0.045   0.529   0.011   0.483   -0.019   0.494   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.101   0.419   0.121   0.569   0.075   0.550   0.581   0.792 
 1026840   HLA-A*30:02   9   56   14   t1/2   0.185   0.554   0.075   0.485   0.152   0.523   0.070   0.486   0.091   0.504   0.053   0.503   0.033   0.485   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.013   0.467   0.065   0.502   0.118   0.532   0.189   0.571 
 1026840   HLA-A*68:01   9   436   43   binary   0.383   0.871   0.399   0.886   0.336   0.791   0.388   0.883   0.387   0.884   0.385   0.873   0.368   0.856   -   -   -   -   -   -   -   -   0.396   0.889   0.374   0.863   0.390   0.878   0.390   0.877 
 1026840   HLA-A*68:01   9   35   13   ic50   0.651   0.843   0.680   0.850   0.526   0.774   0.657   0.823   0.646   0.850   0.631   0.843   0.601   0.843   -   -   -   -   -   -   -   -   0.637   0.857   0.625   0.794   0.634   0.832   0.708   0.871 
 1026840   HLA-A*68:01   9   35   19   t1/2   -0.407   0.266   -0.398   0.283   -0.385   0.308   -0.422   0.265   -0.353   0.293   -0.316   0.322   -0.199   0.385   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.458   0.247   -0.425   0.253   -0.431   0.247   -0.384   0.273 
 1026840   HLA-B*07:02   9   296   25   binary   0.385   0.899   0.382   0.897   0.366   0.880   0.377   0.908   0.381   0.910   0.375   0.889   0.373   0.887   -   -   -   -   -   -   -   -   0.364   0.888   0.387   0.903   0.388   0.902   0.402   0.917 
 1026840   HLA-B*58:01   9   437   46   binary   0.380   0.857   0.396   0.872   0.361   0.840   0.415   0.897   0.387   0.872   0.385   0.862   0.409   0.885   -   -   -   -   -   -   -   -   0.391   0.868   0.400   0.879   0.408   0.884   0.477   0.949 
 1026840   HLA-B*58:01   9   35   17   ic50   0.267   0.650   0.273   0.644   0.209   0.546   0.291   0.660   0.309   0.681   0.362   0.716   0.317   0.650   -   -   -   -   -   -   -   -   0.400   0.722   0.319   0.668   0.362   0.683   0.722   0.873 
 1026840   HLA-B*58:01   9   35   5   t1/2   0.224   0.627   0.189   0.573   0.180   0.593   0.230   0.680   0.194   0.587   0.162   0.553   0.287   0.640   -   -   -   -   -   -   -   -   0.176   0.610   0.151   0.613   0.199   0.620   0.312   0.653 
 1026840   HLA-C*07:01   9   439   31   binary   0.229   0.758   0.270   0.804   -   -   0.223   0.761   0.246   0.788   0.248   0.780   0.259   0.795   -   -   -   -   -   -   -   -   0.194   0.725   0.134   0.654   0.129   0.648   -   - 
 1026840   HLA-C*07:01   9   18   12   ic50   0.166   0.611   0.125   0.556   -   -   0.026   0.396   0.009   0.583   -0.181   0.542   0.154   0.667   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.427   0.319   -0.013   0.389   0.079   0.500   -   - 
 1026891   HLA-A*11:01   9   22   19   binary   0.136   0.614   0.136   0.614   -0.115   0.404   0.115   0.596   0.115   0.596   0.094   0.579   0.136   0.614   -   -   -   -   -   -   -   -   0.198   0.667   0.115   0.596   0.115   0.596   0.136   0.614 
 1026891   HLA-A*24:02   9   21   16   binary   0.037   0.525   0.148   0.600   0.000   0.500   0.019   0.538   0.055   0.538   0.129   0.587   0.166   0.613   -   -   -   -   -   -   -   -   0.176   0.625   0.000   0.500   -0.018   0.488   0.074   0.550 
 1026891   HLA-B*40:01   9   20   9   binary   0.619   0.859   0.654   0.879   0.566   0.828   0.541   0.813   0.619   0.859   0.671   0.889   0.584   0.838   -   -   -   -   -   -   -   -   0.671   0.889   0.532   0.808   0.601   0.848   0.706   0.909 
 1026891   HLA-B*58:01   9   20   12   binary   0.638   0.875   0.496   0.792   0.584   0.844   0.438   0.766   0.619   0.865   0.637   0.875   0.602   0.854   -   -   -   -   -   -   -   -   0.531   0.812   0.442   0.760   0.442   0.760   0.832   0.990 
 1026891   HLA-C*03:04   9   20   11   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.706   0.909   0.706   0.909   0.584   0.838   -   -   -   -   -   -   -   -   0.532   0.808   -   -   -   -   -   - 
 1026891   HLA-C*07:02   9   20   7   binary   0.409   0.747   0.445   0.769   -   -   0.409   0.747   0.318   0.692   0.245   0.648   0.445   0.769   -   -   -   -   -   -   -   -   0.264   0.659   0.391   0.736   0.300   0.681   0.355   0.714 
 1026891   HLA-C*08:01   9   20   12   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.566   0.833   0.566   0.833   0.336   0.698   -   -   -   -   -   -   -   -   0.567   0.833   -   -   -   -   -   - 
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.490   0.815   0.467   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   -   -   -   -   -   -   -   -   0.505   0.900   0.562   0.862   0.514   0.831   0.562   0.862 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.645   0.917   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.616   0.896   -   -   -   -   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.471   0.840   0.485   0.850   0.471   0.840   -   -   -   -   -   -   -   -   0.472   0.840   0.541   0.890   0.527   0.880   0.485   0.850 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.158   0.622   0.244   0.689   0.330   0.756   0.158   0.622   -   -   -   -   -   -   -   -   0.217   0.667   0.101   0.578   0.129   0.600   0.388   0.800 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   binary   0.853   1.000   0.853   1.000   0.711   0.917   0.751   0.958   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   -   -   -   -   -   -   -   0.853   1.000   0.782   0.958   0.711   0.917   0.853   1.000 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   ic50   0.864   1.000   0.864   1.000   0.717   0.917   0.758   0.958   0.677   0.917   0.677   0.917   0.717   0.917   -   -   -   -   -   -   -   -   0.864   1.000   0.791   0.958   0.717   0.917   0.864   1.000 
 1027079   HLA-A*02:01   9   18   13   binary   0.442   0.785   0.442   0.785   0.490   0.815   0.395   0.754   0.490   0.815   0.490   0.815   0.490   0.815   -   -   -   -   -   -   -   -   0.490   0.815   0.418   0.769   0.418   0.769   0.514   0.831