IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 58 56 61
ANN 4.0 78 76 80
ARB 52 52 53
IEDB Consensus 52 49 55
NetMHCcons 56 53 60
NetMHCpan 2.8 65 63 66
NetMHCpan 3.0 58 55 60
NetMHCpan 4.0 BA - - -
NetMHCpan 4.0 EL - - -
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 64 63 65
SMM 61 60 62
SMMPMBEC 59 58 60
mhcflurry 1.2.0 90 90 91

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1026897   HLA-B*40:01   9   18   5   binary   0.466   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   0.490   0.815   0.467   0.800   0.466   0.800   0.466   0.800   -   -   -   -   -   -   -   -   0.505   0.900   0.562   0.862   0.514   0.831   0.562   0.862 
 1026897   HLA-B*40:01   10   12   2   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.722   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.722   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000 
 1026897   HLA-B*55:02   9   11   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.645   0.917   0.645   0.917   0.775   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.616   0.896   -   -   -   -   -   - 
 1026897   HLA-B*58:01   9   25   5   binary   0.485   0.850   0.499   0.860   0.416   0.800   0.527   0.880   0.471   0.840   0.485   0.850   0.471   0.840   -   -   -   -   -   -   -   -   0.472   0.840   0.541   0.890   0.527   0.880   0.485   0.850 
 1026897   HLA-B*58:01   10   18   3   binary   0.129   0.600   0.359   0.778   0.537   0.889   0.158   0.622   0.244   0.689   0.330   0.756   0.158   0.622   -   -   -   -   -   -   -   -   0.217   0.667   0.101   0.578   0.129   0.600   0.388   0.800 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   binary   0.853   1.000   0.853   1.000   0.711   0.917   0.751   0.958   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   -   -   -   -   -   -   -   0.853   1.000   0.782   0.958   0.711   0.917   0.853   1.000 
 1026941   HLA-A*02:01   9   10   6   ic50   0.864   1.000   0.864   1.000   0.717   0.917   0.758   0.958   0.677   0.917   0.677   0.917   0.717   0.917   -   -   -   -   -   -   -   -   0.864   1.000   0.791   0.958   0.717   0.917   0.864   1.000 
 1027079   HLA-A*02:01   9   18   13   binary   0.442   0.785   0.442   0.785   0.490   0.815   0.395   0.754   0.490   0.815   0.490   0.815   0.490   0.815   -   -   -   -   -   -   -   -   0.490   0.815   0.418   0.769   0.418   0.769   0.514   0.831 
 1027471   HLA-A*02:01   9   45   6   binary   0.408   0.846   0.428   0.863   0.408   0.846   0.408   0.846   0.420   0.910   0.433   0.868   0.398   0.838   -   -   -   -   -   -   -   -   0.432   0.863   0.418   0.855   0.418   0.855   0.468   0.897 
 1027588   HLA-A*02:01   9   19   8   binary   0.575   0.835   0.623   0.864   0.467   0.773   0.576   0.835   0.564   0.830   0.584   0.841   0.603   0.852   -   -   -   -   -   -   -   -   0.419   0.756   0.584   0.841   0.603   0.852   0.603   0.852