IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 43 43 44
NetMHCpan 3.0 56 55 56
NetMHCpan 4.0 62 60 65
SMM 53 51 55
ANN 3.4 59 58 59
ANN 4.0 55 57 53
ARB 18 15 21
SMMPMBEC 53 51 54
IEDB Consensus 48 48 48
NetMHCcons 71 71 71
PickPocket 25 24 27
mhcflurry 1.2.0 55 58 52
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028228   HLA-C*03:03   9   163   120   ic50   0.797   0.905   0.825   0.924   0.824   0.924   0.854   0.946   0.849   0.935   0.865   0.947   -   -   0.842   0.936   0.855   0.946   0.842   0.931   0.806   0.905   0.778   0.873   -   - 
 1028229   HLA-C*04:01   9   153   18   ic50   0.457   0.904   0.484   0.937   0.491   0.946   0.556   0.972   0.581   1.000   0.563   0.998   -   -   0.586   0.996   0.550   0.976   0.590   0.998   0.394   0.853   0.404   0.851   -   - 
 1028230   HLA-C*05:01   9   172   68   ic50   0.863   0.968   0.892   0.976   0.880   0.974   0.911   0.996   0.940   0.999   0.916   0.993   -   -   0.899   0.990   0.912   0.996   0.925   0.997   0.836   0.946   0.803   0.906   -   - 
 1028231   HLA-C*06:02   9   100   46   ic50   0.865   0.947   0.874   0.956   0.878   0.959   0.915   0.982   0.909   0.980   0.872   0.959   -   -   0.902   0.976   0.910   0.977   0.902   0.971   0.819   0.932   0.771   0.899   -   - 
 1028232   HLA-C*07:02   9   140   82   ic50   0.814   0.951   0.812   0.957   0.825   0.966   0.921   0.961   0.890   0.969   0.850   0.947   -   -   0.914   0.965   0.921   0.963   0.876   0.973   0.762   0.909   0.673   0.860   -   - 
 1028233   HLA-C*08:02   9   87   32   ic50   0.746   0.905   0.767   0.920   0.759   0.923   0.791   0.915   0.879   0.963   0.810   0.918   -   -   0.786   0.924   0.794   0.917   0.858   0.957   0.646   0.831   0.597   0.794   -   - 
 1028234   HLA-C*14:02   9   218   170   ic50   0.746   0.865   0.766   0.874   0.753   0.864   0.766   0.875   0.877   0.926   0.813   0.910   -   -   0.784   0.879   0.768   0.877   0.850   0.915   0.670   0.829   0.742   0.883   -   - 
 1028235   HLA-C*15:02   9   181   56   ic50   0.748   0.918   0.768   0.941   0.767   0.933   0.846   0.940   0.873   0.967   0.842   0.933   -   -   0.861   0.941   0.857   0.940   0.853   0.965   0.737   0.870   0.699   0.896   -   - 
 1028282   HLA-A*01:01   9   100   41   t1/2   0.772   0.890   0.773   0.895   0.778   0.898   0.766   0.880   0.768   0.888   0.782   0.901   0.721   0.861   0.762   0.888   0.744   0.875   0.777   0.895   0.609   0.861   0.795   0.862   -   - 
 1028285   HLA-A*02:01   9   881   549   t1/2   0.707   0.858   0.707   0.861   0.721   0.866   0.697   0.851   0.695   0.854   0.702   0.857   0.654   0.822   0.694   0.849   0.684   0.841   0.708   0.859   0.681   0.839   0.711   0.865   -   - 
 1028285   HLA-A*02:01   10   62   37   t1/2   0.465   0.731   0.441   0.704   0.439   0.702   0.405   0.688   0.385   0.677   0.412   0.689   0.449   0.681   0.393   0.682   0.398   0.686   0.452   0.725   0.434   0.684   0.422   0.695   -   - 
 1028285   HLA-A*02:01   11   38   21   t1/2   0.155   0.599   0.179   0.583   0.257   0.616   0.357   0.751   0.202   0.669   0.017   0.499   0.104   0.653   0.197   0.689   0.356   0.752   0.215   0.655   0.319   0.686   0.339   0.703   -   - 
 1028286   HLA-C*12:03   9   172   145   ic50   0.520   0.705   0.544   0.709   0.551   0.717   0.522   0.574   0.649   0.687   0.651   0.718   -   -   0.607   0.610   0.522   0.575   0.631   0.711   0.434   0.648   0.634   0.807   -   - 
 1028287   HLA-A*11:01   9   577   342   t1/2   0.770   0.890   0.776   0.894   0.783   0.896   0.784   0.901   0.756   0.888   0.743   0.886   0.710   0.869   0.783   0.901   0.777   0.899   0.776   0.896   0.597   0.807   0.803   0.911   -   - 
 1028287   HLA-A*11:01   11   15   7   t1/2   0.664   0.768   0.787   0.839   0.676   0.786   0.764   0.804   0.591   0.705   0.805   0.857   -   -   0.825   0.857   0.725   0.786   0.630   0.750   0.773   0.875   0.794   0.839   -   - 
 1028288   HLA-A*03:01   9   861   332   t1/2   0.645   0.817   0.624   0.807   0.659   0.825   0.636   0.824   0.616   0.803   0.604   0.795   0.603   0.803   0.633   0.823   0.630   0.817   0.645   0.817   0.519   0.754   0.759   0.869   -   - 
 1028289   HLA-A*24:02   9   573   249   t1/2   0.697   0.852   0.703   0.859   0.727   0.868   0.696   0.860   0.700   0.850   0.699   0.856   0.637   0.826   0.704   0.860   0.695   0.859   0.724   0.864   0.694   0.855   0.705   0.850   -   - 
 1028289   HLA-A*24:02   10   11   6   t1/2   0.845   0.900   0.755   0.833   0.727   0.867   0.455   0.667   0.664   0.767   0.645   0.733   -0.036   0.367   0.582   0.767   0.389   0.633   0.764   0.833   0.827   0.933   0.691   0.733   -   - 
 1028290   HLA-A*26:01   9   272   85   t1/2   0.684   0.853   0.690   0.856   0.682   0.848   0.673   0.861   0.692   0.855   0.670   0.843   0.605   0.848   0.674   0.859   0.649   0.841   0.697   0.859   0.535   0.796   0.727   0.858   -   - 
 1028291   HLA-B*07:02   8   16   6   t1/2   0.607   0.850   0.629   0.833   0.614   0.850   0.434   0.700   0.638   0.792   0.542   0.783   -0.198   0.467   0.596   0.783   0.556   0.750   0.642   0.817   0.517   0.717   0.518   0.750   -   - 
 1028291   HLA-B*07:02   9   599   377   t1/2   0.710   0.880   0.716   0.883   0.725   0.887   0.708   0.877   0.711   0.886   0.716   0.882   0.546   0.784   0.706   0.875   0.675   0.864   0.722   0.889   0.542   0.796   0.708   0.877   -   - 
 1028291   HLA-B*07:02   10   26   16   t1/2   0.297   0.606   0.394   0.612   0.435   0.631   0.610   0.713   0.415   0.653   0.455   0.625   0.364   0.637   0.585   0.700   0.615   0.697   0.365   0.625   0.177   0.531   0.436   0.644   -   - 
 1028291   HLA-B*07:02   11   17   10   t1/2   0.436   0.729   0.545   0.800   0.543   0.829   0.168   0.614   0.339   0.700   0.484   0.800   -   -   0.178   0.514   0.262   0.686   0.405   0.729   0.431   0.700   0.406   0.757   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   8   10   4   t1/2   0.075   0.667   -0.069   0.458   -0.113   0.458   0.088   0.583   -0.081   0.542   -0.119   0.458   0.468   0.792   -0.381   0.375   0.119   0.583   0.000   0.583   0.638   0.917   0.500   0.792   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   9   550   223   t1/2   0.609   0.830   0.618   0.833   0.638   0.844   0.552   0.793   0.616   0.830   0.607   0.820   0.465   0.733   0.556   0.797   0.513   0.768   0.625   0.836   0.612   0.836   0.687   0.849   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   10   15   5   t1/2   0.202   0.700   0.408   0.840   0.377   0.820   0.117   0.700   0.161   0.740   0.374   0.800   -0.083   0.520   0.166   0.680   0.117   0.700   0.218   0.740   0.311   0.720   0.486   0.720   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   11   17   4   t1/2   0.308   0.654   -0.025   0.462   0.127   0.519   -0.280   0.577   0.035   0.462   -0.049   0.462   -   -   -0.626   0.404   -0.280   0.577   0.250   0.596   0.598   0.615   0.287   0.558   -   - 
 1028293   HLA-B*15:01   9   1070   855   t1/2   0.460   0.762   0.469   0.781   0.508   0.800   0.441   0.729   0.429   0.734   0.447   0.748   0.286   0.625   0.444   0.726   0.379   0.691   0.463   0.759   0.261   0.622   0.546   0.818   -   - 
 1028294   HLA-B*40:01   9   302   30   t1/2   0.528   0.615   0.522   0.623   0.527   0.627   0.549   0.673   0.588   0.659   0.587   0.650   0.454   0.666   0.532   0.656   0.550   0.674   0.564   0.642   0.452   0.614   0.595   0.651   -   -