IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 51 51 51
NetMHCpan 3.0 60 62 58
NetMHCpan 4.0 65 62 68
SMM 42 41 42
ANN 3.4 59 60 58
ANN 4.0 56 59 53
ARB 30 22 39
SMMPMBEC 35 36 33
IEDB Consensus 37 36 38
NetMHCcons 64 66 61
PickPocket 29 18 39
mhcflurry 1.2.0 83 87 80
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028291   HLA-B*07:02   8   16   6   t1/2   0.607   0.850   0.629   0.833   0.614   0.850   0.434   0.700   0.638   0.792   0.542   0.783   -0.198   0.467   0.596   0.783   0.556   0.750   0.642   0.817   0.517   0.717   0.518   0.750   -   - 
 1028291   HLA-B*07:02   9   599   377   t1/2   0.710   0.880   0.716   0.883   0.725   0.887   0.708   0.877   0.711   0.886   0.716   0.882   0.546   0.784   0.706   0.875   0.675   0.864   0.722   0.889   0.542   0.796   0.708   0.877   -   - 
 1028291   HLA-B*07:02   10   26   16   t1/2   0.297   0.606   0.394   0.612   0.435   0.631   0.610   0.713   0.415   0.653   0.455   0.625   0.364   0.637   0.585   0.700   0.615   0.697   0.365   0.625   0.177   0.531   0.436   0.644   -   - 
 1028291   HLA-B*07:02   11   17   10   t1/2   0.436   0.729   0.545   0.800   0.543   0.829   0.168   0.614   0.339   0.700   0.484   0.800   -   -   0.178   0.514   0.262   0.686   0.405   0.729   0.431   0.700   0.406   0.757   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   8   10   4   t1/2   0.075   0.667   -0.069   0.458   -0.113   0.458   0.088   0.583   -0.081   0.542   -0.119   0.458   0.468   0.792   -0.381   0.375   0.119   0.583   0.000   0.583   0.638   0.917   0.500   0.792   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   9   650   254   t1/2   0.609   0.830   0.618   0.833   0.638   0.844   0.552   0.793   0.616   0.830   0.607   0.820   0.465   0.733   0.556   0.797   0.513   0.768   0.625   0.836   0.612   0.836   0.687   0.849   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   10   15   5   t1/2   0.202   0.700   0.408   0.840   0.377   0.820   0.117   0.700   0.161   0.740   0.374   0.800   -0.083   0.520   0.166   0.680   0.117   0.700   0.218   0.740   0.311   0.720   0.486   0.720   -   - 
 1028292   HLA-B*35:01   11   17   4   t1/2   0.308   0.654   -0.025   0.462   0.127   0.519   -0.280   0.577   0.035   0.462   -0.049   0.462   -   -   -0.626   0.404   -0.280   0.577   0.250   0.596   0.598   0.615   0.287   0.558   -   - 
 1028293   HLA-B*15:01   9   1070   855   t1/2   0.460   0.762   0.469   0.781   0.508   0.800   0.441   0.729   0.429   0.734   0.447   0.748   0.286   0.625   0.444   0.726   0.379   0.691   0.463   0.759   0.261   0.622   0.546   0.818   -   - 
 1028294   HLA-B*40:01   9   302   30   t1/2   0.528   0.615   0.522   0.623   0.527   0.627   0.549   0.673   0.588   0.659   0.587   0.650   0.454   0.666   0.532   0.656   0.550   0.674   0.564   0.642   0.452   0.614   0.595   0.651   -   - 
 1024516   HLA-A*02:01   9   51   45   ic50   0.666   0.633   0.649   0.626   0.667   0.630   0.691   0.641   0.673   0.639   0.674   0.633   0.658   0.648   0.677   0.630   0.615   0.572   0.672   0.633   0.591   0.659   0.753   0.711   -   - 
 1024516   HLA-A*02:01   10   32   28   ic50   0.537   0.696   0.530   0.616   0.525   0.616   0.537   0.670   0.545   0.688   0.529   0.643   0.532   0.643   0.523   0.621   0.543   0.674   0.555   0.692   0.439   0.661   0.753   0.848   -   - 
 1024516   HLA-A*02:02   9   51   44   ic50   0.599   0.721   0.601   0.776   0.623   0.789   0.552   0.687   0.653   0.739   0.601   0.718   0.511   0.756   0.566   0.727   0.563   0.680   0.632   0.747   0.504   0.700   0.862   0.925   -   - 
 1024516   HLA-A*02:03   9   51   42   ic50   0.565   0.720   0.564   0.746   0.566   0.741   0.528   0.683   0.539   0.684   0.534   0.675   0.536   0.728   0.541   0.693   0.422   0.665   0.562   0.709   0.475   0.772   0.625   0.717   -   - 
 1024516   HLA-A*02:03   10   32   25   ic50   0.308   0.760   0.360   0.771   0.357   0.771   0.310   0.720   0.378   0.794   0.399   0.777   0.361   0.731   0.303   0.703   0.304   0.720   0.376   0.806   0.162   0.714   0.725   0.920   -   - 
 1024516   HLA-A*02:06   9   51   34   ic50   0.718   0.825   0.718   0.829   0.705   0.827   0.682   0.787   0.709   0.813   0.712   0.824   0.663   0.777   0.679   0.787   0.681   0.785   0.733   0.830   0.545   0.760   0.874   0.924   -   - 
 1024516   HLA-A*02:06   10   32   10   ic50   0.605   0.850   0.583   0.882   0.567   0.864   0.576   0.841   0.568   0.823   0.501   0.877   0.534   0.850   0.592   0.850   0.574   0.850   0.596   0.836   0.463   0.764   0.822   0.909   -   - 
 1024516   HLA-A*68:02   9   51   15   ic50   0.566   0.839   0.584   0.850   0.579   0.856   0.562   0.831   0.586   0.857   0.595   0.863   0.473   0.800   0.552   0.826   0.559   0.838   0.576   0.852   0.537   0.863   0.604   0.856   -   - 
 1024516   HLA-A*68:02   10   32   6   ic50   0.275   0.705   0.414   0.763   0.471   0.808   0.413   0.821   0.467   0.814   0.515   0.776   0.374   0.782   0.361   0.808   0.424   0.827   0.355   0.763   0.310   0.776   0.482   0.821   -   -