IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 50 50 51
NetMHCpan 3.0 56 58 54
NetMHCpan 4.0 57 57 57
SMM 44 43 45
ANN 3.4 64 68 60
ANN 4.0 56 56 55
ARB 28 22 34
SMMPMBEC 37 41 33
IEDB Consensus 37 33 42
NetMHCcons 67 68 66
PickPocket 27 14 39
mhcflurry 1.2.0 93 96 91
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1024516   HLA-A*02:01   9   51   45   ic50   0.666   0.633   0.649   0.626   0.667   0.630   0.691   0.641   0.673   0.639   0.674   0.633   0.658   0.648   0.677   0.630   0.615   0.572   0.672   0.633   0.591   0.659   0.753   0.711   -   - 
 1024516   HLA-A*02:01   10   32   28   ic50   0.537   0.696   0.530   0.616   0.525   0.616   0.537   0.670   0.545   0.688   0.529   0.643   0.532   0.643   0.523   0.621   0.543   0.674   0.555   0.692   0.439   0.661   0.753   0.848   -   - 
 1024516   HLA-A*02:02   9   51   44   ic50   0.599   0.721   0.601   0.776   0.623   0.789   0.552   0.687   0.653   0.739   0.601   0.718   0.511   0.756   0.566   0.727   0.563   0.680   0.632   0.747   0.504   0.700   0.862   0.925   -   - 
 1024516   HLA-A*02:03   9   51   42   ic50   0.565   0.720   0.564   0.746   0.566   0.741   0.528   0.683   0.539   0.684   0.534   0.675   0.536   0.728   0.541   0.693   0.422   0.665   0.562   0.709   0.475   0.772   0.625   0.717   -   - 
 1024516   HLA-A*02:03   10   32   25   ic50   0.308   0.760   0.360   0.771   0.357   0.771   0.310   0.720   0.378   0.794   0.399   0.777   0.361   0.731   0.303   0.703   0.304   0.720   0.376   0.806   0.162   0.714   0.725   0.920   -   - 
 1024516   HLA-A*02:06   9   51   34   ic50   0.718   0.825   0.718   0.829   0.705   0.827   0.682   0.787   0.709   0.813   0.712   0.824   0.663   0.777   0.679   0.787   0.681   0.785   0.733   0.830   0.545   0.760   0.874   0.924   -   - 
 1024516   HLA-A*02:06   10   32   10   ic50   0.605   0.850   0.583   0.882   0.567   0.864   0.576   0.841   0.568   0.823   0.501   0.877   0.534   0.850   0.592   0.850   0.574   0.850   0.596   0.836   0.463   0.764   0.822   0.909   -   - 
 1024516   HLA-A*68:02   9   51   15   ic50   0.566   0.839   0.584   0.850   0.579   0.856   0.562   0.831   0.586   0.857   0.595   0.863   0.473   0.800   0.552   0.826   0.559   0.838   0.576   0.852   0.537   0.863   0.604   0.856   -   - 
 1024516   HLA-A*68:02   10   32   6   ic50   0.275   0.705   0.414   0.763   0.471   0.808   0.413   0.821   0.467   0.814   0.515   0.776   0.374   0.782   0.361   0.808   0.424   0.827   0.355   0.763   0.310   0.776   0.482   0.821   -   - 
 1028553   HLA-A*02:01   9   22   2   ic50   0.617   0.925   0.590   0.850   0.574   0.850   0.591   0.850   0.700   0.950   0.632   0.925   0.686   0.900   0.624   0.825   0.579   0.850   0.641   0.925   0.577   0.825   0.763   0.975   -   - 
 1028553   HLA-B*07:02   9   22   3   ic50   0.662   0.895   0.670   0.895   0.729   0.877   0.622   0.895   0.758   0.921   0.645   0.895   0.553   0.877   0.623   0.877   0.675   0.877   0.717   0.912   0.615   0.895   0.683   0.912   -   - 
 1028554   HLA-A*02:01   9   44   7   ic50   0.696   0.888   0.708   0.876   0.721   0.876   0.581   0.898   0.620   0.828   0.598   0.811   0.507   0.761   0.547   0.861   0.505   0.855   0.688   0.888   0.506   0.880   0.631   0.907   -   - 
 1028554   HLA-B*07:02   9   52   6   ic50   0.617   0.772   0.627   0.790   0.658   0.804   0.661   0.851   0.698   0.884   0.670   0.833   0.654   0.757   0.704   0.855   0.594   0.862   0.729   0.862   0.704   0.743   0.862   0.924   -   - 
 1028554   HLA-B*35:01   9   56   3   ic50   0.364   0.679   0.401   0.673   0.359   0.660   0.206   0.591   0.273   0.566   0.266   0.686   0.260   0.642   0.204   0.528   0.288   0.761   0.355   0.642   0.284   0.503   0.503   0.811   -   - 
 1028554   HLA-B*44:03   9   46   3   ic50   0.457   0.612   0.598   0.636   0.558   0.581   0.466   0.752   0.559   0.651   0.651   0.736   0.249   0.558   0.549   0.760   0.557   0.907   0.546   0.643   0.427   0.643   0.773   0.690   -   - 
 1028554   HLA-B*57:01   9   53   10   ic50   0.619   0.863   0.638   0.865   0.604   0.881   0.331   0.765   0.519   0.944   0.526   0.958   0.124   0.628   0.290   0.772   0.334   0.798   0.563   0.916   0.445   0.849   0.624   0.970   -   - 
 315174   HLA-B*27:03   9   11   7   binary   0.657   0.893   0.538   0.821   0.657   0.893   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.500   -   -   0.657   0.893   0.657   0.893   0.777   0.964   -   - 
 1028790   HLA-A*02:01   9   55   47   ic50   0.615   0.574   0.607   0.577   0.626   0.582   0.625   0.564   0.610   0.565   0.611   0.564   0.580   0.566   0.610   0.553   0.556   0.513   0.613   0.566   0.586   0.660   -   -   -   - 
 1028790   HLA-A*02:01   10   35   31   ic50   0.407   0.677   0.433   0.605   0.426   0.605   0.468   0.653   0.453   0.669   0.441   0.637   0.439   0.637   0.449   0.593   0.456   0.657   0.443   0.677   0.303   0.645   0.670   0.839   -   - 
 1028790   HLA-A*02:02   9   55   45   ic50   0.582   0.713   0.589   0.753   0.611   0.764   0.557   0.714   0.639   0.744   0.587   0.724   0.494   0.733   0.572   0.742   0.564   0.712   0.620   0.747   0.531   0.721   0.859   0.911   -   - 
 1028790   HLA-A*02:03   9   55   43   ic50   0.539   0.696   0.535   0.714   0.534   0.709   0.519   0.678   0.509   0.668   0.495   0.655   0.501   0.684   0.530   0.686   0.417   0.657   0.537   0.694   0.503   0.766   0.583   0.694   -   - 
 1028790   HLA-A*02:03   10   35   28   ic50   0.208   0.750   0.269   0.755   0.261   0.760   0.335   0.730   0.314   0.781   0.292   0.760   0.289   0.684   0.313   0.699   0.276   0.709   0.291   0.791   0.070   0.704   0.687   0.923   -   - 
 1028790   HLA-A*02:06   9   55   36   ic50   0.630   0.770   0.631   0.778   0.620   0.776   0.588   0.732   0.620   0.757   0.622   0.765   0.566   0.725   0.587   0.732   0.585   0.730   0.642   0.773   0.528   0.750   0.820   0.876   -   - 
 1028790   HLA-A*02:06   10   35   12   ic50   0.572   0.768   0.575   0.822   0.561   0.808   0.560   0.790   0.552   0.754   0.512   0.819   0.495   0.775   0.588   0.801   0.545   0.779   0.574   0.761   0.387   0.656   0.820   0.884   -   - 
 1028790   HLA-A*68:02   9   55   16   ic50   0.534   0.806   0.544   0.814   0.538   0.812   0.536   0.811   0.557   0.835   0.552   0.829   0.448   0.761   0.524   0.801   0.529   0.814   0.548   0.825   0.448   0.798   0.575   0.825   -   - 
 1028790   HLA-A*68:02   10   35   8   ic50   0.272   0.620   0.357   0.616   0.419   0.662   0.383   0.718   0.432   0.699   0.460   0.648   0.314   0.729   0.337   0.685   0.372   0.699   0.330   0.667   0.295   0.662   0.410   0.671   -   -