IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 53 52 54
NetMHCpan 3.0 63 65 61
NetMHCpan 4.0 64 63 65
SMM 51 49 54
ANN 3.4 65 67 62
ANN 4.0 58 58 59
ARB 29 24 34
SMMPMBEC 46 48 44
IEDB Consensus 48 41 55
NetMHCcons 69 68 70
PickPocket 32 23 41
mhcflurry 1.2.0 92 93 91
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1028554   HLA-A*02:01   9   44   7   ic50   0.696   0.888   0.708   0.876   0.721   0.876   0.581   0.898   0.620   0.828   0.598   0.811   0.507   0.761   0.547   0.861   0.505   0.855   0.688   0.888   0.506   0.880   0.631   0.907   -   - 
 1028554   HLA-B*07:02   9   52   6   ic50   0.617   0.772   0.627   0.790   0.658   0.804   0.661   0.851   0.698   0.884   0.670   0.833   0.654   0.757   0.704   0.855   0.594   0.862   0.729   0.862   0.704   0.743   0.862   0.924   -   - 
 1028554   HLA-B*35:01   9   56   3   ic50   0.364   0.679   0.401   0.673   0.359   0.660   0.206   0.591   0.273   0.566   0.266   0.686   0.260   0.642   0.204   0.528   0.288   0.761   0.355   0.642   0.284   0.503   0.503   0.811   -   - 
 1028554   HLA-B*44:03   9   46   3   ic50   0.457   0.612   0.598   0.636   0.558   0.581   0.466   0.752   0.559   0.651   0.651   0.736   0.249   0.558   0.549   0.760   0.557   0.907   0.546   0.643   0.427   0.643   0.773   0.690   -   - 
 1028554   HLA-B*57:01   9   53   10   ic50   0.619   0.863   0.638   0.865   0.604   0.881   0.331   0.765   0.519   0.944   0.526   0.958   0.124   0.628   0.290   0.772   0.334   0.798   0.563   0.916   0.445   0.849   0.624   0.970   -   - 
 315174   HLA-B*27:03   9   11   7   binary   0.657   0.893   0.538   0.821   0.657   0.893   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.500   -   -   0.657   0.893   0.657   0.893   0.777   0.964   -   - 
 1028790   HLA-A*02:01   9   55   47   ic50   0.615   0.574   0.607   0.577   0.626   0.582   0.625   0.564   0.610   0.565   0.611   0.564   0.580   0.566   0.610   0.553   0.556   0.513   0.613   0.566   0.586   0.660   -   -   -   - 
 1028790   HLA-A*02:01   10   35   31   ic50   0.407   0.677   0.433   0.605   0.426   0.605   0.468   0.653   0.453   0.669   0.441   0.637   0.439   0.637   0.449   0.593   0.456   0.657   0.443   0.677   0.303   0.645   0.670   0.839   -   - 
 1028790   HLA-A*02:02   9   55   45   ic50   0.582   0.713   0.589   0.753   0.611   0.764   0.557   0.714   0.639   0.744   0.587   0.724   0.494   0.733   0.572   0.742   0.564   0.712   0.620   0.747   0.531   0.721   0.859   0.911   -   - 
 1028790   HLA-A*02:03   9   55   43   ic50   0.539   0.696   0.535   0.714   0.534   0.709   0.519   0.678   0.509   0.668   0.495   0.655   0.501   0.684   0.530   0.686   0.417   0.657   0.537   0.694   0.503   0.766   0.583   0.694   -   - 
 1028790   HLA-A*02:03   10   35   28   ic50   0.208   0.750   0.269   0.755   0.261   0.760   0.335   0.730   0.314   0.781   0.292   0.760   0.289   0.684   0.313   0.699   0.276   0.709   0.291   0.791   0.070   0.704   0.687   0.923   -   - 
 1028790   HLA-A*02:06   9   55   36   ic50   0.630   0.770   0.631   0.778   0.620   0.776   0.588   0.732   0.620   0.757   0.622   0.765   0.566   0.725   0.587   0.732   0.585   0.730   0.642   0.773   0.528   0.750   0.820   0.876   -   - 
 1028790   HLA-A*02:06   10   35   12   ic50   0.572   0.768   0.575   0.822   0.561   0.808   0.560   0.790   0.552   0.754   0.512   0.819   0.495   0.775   0.588   0.801   0.545   0.779   0.574   0.761   0.387   0.656   0.820   0.884   -   - 
 1028790   HLA-A*68:02   9   55   16   ic50   0.534   0.806   0.544   0.814   0.538   0.812   0.536   0.811   0.557   0.835   0.552   0.829   0.448   0.761   0.524   0.801   0.529   0.814   0.548   0.825   0.448   0.798   0.575   0.825   -   - 
 1028790   HLA-A*68:02   10   35   8   ic50   0.272   0.620   0.357   0.616   0.419   0.662   0.383   0.718   0.432   0.699   0.460   0.648   0.314   0.729   0.337   0.685   0.372   0.699   0.330   0.667   0.295   0.662   0.410   0.671   -   - 
 1028928   HLA-A*02:01   9   13   11   binary   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.571   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.570   0.955   0.575   0.955   0.570   0.955   0.542   0.955   0.570   0.955   -   - 
 1028928   HLA-B*07:02   9   12   10   binary   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.652   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.648   1.000   0.663   1.000   0.648   1.000   0.649   1.000   0.648   1.000   -   - 
 315209   HLA-C*03:04   9   14   9   t1/2   0.781   0.911   0.876   1.000   0.858   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.781   0.911   0.722   0.867   -   -   -   -