IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 82 81 83
ANN 4.0 66 65 67
ARB 25 25 25
IEDB Consensus 56 58 54
NetMHCcons 73 71 74
NetMHCpan 2.8 63 63 63
NetMHCpan 3.0 64 65 63
NetMHCpan 4.0 BA - - -
NetMHCpan 4.0 EL - - -
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 52 49 55
SMM 49 49 50
SMMPMBEC 91 91 92
mhcflurry 1.2.0 69 70 68

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1029125   HLA-B*27:04   9   21   14   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.717   0.939   0.717   0.939   0.801   0.990   -   -   -   -   -   -   -   -   0.534   0.827   -   -   -   -   0.734   0.949 
 1029125   HLA-B*27:05   9   21   14   binary   0.717   0.939   0.751   0.959   0.617   0.878   0.676   0.913   0.751   0.959   0.751   0.959   0.734   0.949   -   -   -   -   -   -   -   -   0.668   0.913   0.667   0.908   0.751   0.959   0.751   0.959 
 1029125   HLA-B*27:06   9   21   13   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.421   0.750   0.421   0.750   0.453   0.769   -   -   -   -   -   -   -   -   0.502   0.798   -   -   -   -   0.615   0.865 
 1027131   HLA-B*15:02   9   14   11   binary   0.713   1.000   0.713   1.000   0.716   1.000   0.670   0.970   0.713   1.000   0.713   1.000   0.713   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.713   1.000   0.583   0.909   0.713   1.000   0.713   1.000 
 1029824   HLA-A*02:01   9   77   56   binary   0.112   0.573   0.119   0.577   0.037   0.524   0.125   0.581   0.091   0.560   0.071   0.546   0.102   0.566   -   -   -   -   -   -   -   -   0.083   0.554   0.101   0.565   0.102   0.566   0.172   0.611 
 1029957   HLA-B*38:01   9   27   11   ic50   0.842   1.000   0.819   0.977   0.098   0.653   0.839   0.983   0.841   1.000   0.801   0.960   0.808   0.955   -   -   -   -   -   -   -   -   0.784   0.966   0.836   0.989   0.839   0.994   0.798   0.949 
 1029957   HLA-B*39:06   9   33   21   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.590   0.806   0.590   0.806   0.554   0.790   -   -   -   -   -   -   -   -   0.542   0.750   -   -   -   -   0.793   0.925 
 315312   HLA-A*31:01   9   10   4   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.640   0.875   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958   -   -   -   -   -   -   -   -   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   - 
 315312   HLA-A*66:01   9   16   14   binary   0.205   0.679   -0.287   0.250   -   -   0.205   0.679   0.123   0.607   0.041   0.536   0.041   0.536   -   -   -   -   -   -   -   -   0.205   0.679   0.205   0.679   0.574   1.000   -0.123   0.393