IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 63 63 63
NetMHCpan 3.0 64 65 63
NetMHCpan 4.0 52 49 54
SMM 49 49 50
ANN 3.4 82 81 83
ANN 4.0 66 65 67
ARB 25 25 25
SMMPMBEC 91 91 92
IEDB Consensus 56 58 54
NetMHCcons 73 71 74
PickPocket 52 49 55
mhcflurry 1.2.0 69 70 68
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1029125   HLA-B*27:04   9   21   14   binary   0.717   0.939   0.801   0.990   0.801   0.990   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.717   0.939   0.534   0.827   0.734   0.949   -   - 
 1029125   HLA-B*27:05   9   21   14   binary   0.751   0.959   0.734   0.949   0.717   0.939   0.667   0.908   0.717   0.939   0.751   0.959   0.617   0.878   0.751   0.959   0.676   0.913   0.751   0.959   0.668   0.913   0.751   0.959   -   - 
 1029125   HLA-B*27:06   9   21   13   binary   0.421   0.750   0.453   0.769   0.389   0.731   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.421   0.750   0.502   0.798   0.615   0.865   -   - 
 1027131   HLA-B*15:02   9   14   11   binary   0.713   1.000   0.713   1.000   0.713   1.000   0.583   0.909   0.713   1.000   0.713   1.000   0.716   1.000   0.713   1.000   0.670   0.970   0.713   1.000   0.713   1.000   0.713   1.000   -   - 
 1029824   HLA-A*02:01   9   77   56   binary   0.071   0.546   0.102   0.566   0.087   0.556   0.101   0.565   0.112   0.573   0.119   0.577   0.037   0.524   0.102   0.566   0.125   0.581   0.091   0.560   0.083   0.554   0.172   0.611   -   - 
 1029957   HLA-B*38:01   9   27   11   ic50   0.801   0.960   0.808   0.955   0.794   0.966   0.836   0.989   0.842   1.000   0.819   0.977   0.098   0.653   0.839   0.994   0.839   0.983   0.841   1.000   0.784   0.966   0.798   0.949   -   - 
 1029957   HLA-B*39:06   9   33   21   ic50   0.590   0.806   0.554   0.790   0.396   0.710   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.590   0.806   0.542   0.750   0.793   0.925   -   - 
 315312   HLA-A*31:01   9   10   4   binary   0.711   0.917   0.782   0.958   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.640   0.875   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   -   -   - 
 315312   HLA-A*66:01   9   16   14   binary   0.041   0.536   0.041   0.536   0.041   0.536   0.205   0.679   0.205   0.679   -0.287   0.250   -   -   0.574   1.000   0.205   0.679   0.123   0.607   0.205   0.679   -0.123   0.393   -   -