IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 73 68 78
ANN 4.0 61 58 64
ARB 16 11 21
IEDB Consensus 57 56 57
NetMHCcons 76 77 75
NetMHCpan 2.8 69 68 70
NetMHCpan 3.0 68 67 68
NetMHCpan 4.0 BA 77 80 75
NetMHCpan 4.0 EL 57 55 60
NetMHCpan 4.1 BA - - -
NetMHCpan 4.1 EL - - -
PickPocket 36 28 45
SMM 47 39 54
SMMPMBEC 55 52 58
mhcflurry 1.2.0 60 56 63

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 315312   HLA-A*31:01   9   10   4   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.640   0.875   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958   -   -   -   -   -   -   -   -   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   - 
 315312   HLA-A*66:01   9   16   14   binary   0.205   0.679   -0.287   0.250   -   -   0.205   0.679   0.123   0.607   0.041   0.536   0.041   0.536   -   -   -   -   -   -   -   -   0.205   0.679   0.205   0.679   0.574   1.000   -0.123   0.393 
 1031253   HLA-A*03:01   9   14   9   ic50   0.727   0.889   0.793   0.956   0.473   0.711   0.730   0.900   0.758   0.911   0.780   0.933   0.767   0.933   -   -   -   -   -   -   -   -   0.710   0.956   0.692   0.867   0.754   0.911   0.833   0.956 
 1031253   HLA-B*07:02   9   13   7   ic50   0.960   1.000   0.977   1.000   0.889   1.000   0.974   1.000   0.974   1.000   0.966   1.000   0.966   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   0.875   1.000   0.960   1.000   0.971   1.000   0.960   1.000 
 1031253   HLA-B*27:05   9   12   7   ic50   0.595   0.686   0.581   0.686   0.462   0.600   0.488   0.657   0.616   0.657   0.592   0.629   0.567   0.629   -   -   -   -   -   -   -   -   0.487   0.600   0.445   0.629   0.456   0.600   0.708   0.714 
 1031959   HLA-B*27:05   8   97   30   binary   -0.056   0.465   -0.035   0.478   -0.041   0.476   -0.076   0.457   -0.041   0.479   -0.017   0.490   -0.022   0.486   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.023   0.487   -0.068   0.458   -0.064   0.460   -0.077   0.452 
 1031959   HLA-B*27:05   9   8457   5837   binary   0.163   0.602   0.161   0.601   0.145   0.591   0.153   0.596   0.162   0.602   0.161   0.601   0.180   0.613   -   -   -   -   -   -   -   -   0.151   0.595   0.161   0.601   0.159   0.600   0.153   0.596 
 1031959   HLA-B*27:05   10   7665   5575   binary   0.196   0.627   0.181   0.617   0.142   0.592   0.189   0.622   0.192   0.625   0.188   0.622   0.190   0.623   -   -   -   -   -   -   -   -   0.172   0.611   0.187   0.621   0.197   0.627   0.188   0.622 
 1031959   HLA-B*27:05   11   5330   3999   binary   0.229   0.653   0.211   0.641   0.179   0.620   0.216   0.644   0.230   0.653   0.230   0.653   0.223   0.648   -   -   -   -   -   -   -   -   0.227   0.649   0.212   0.641   0.217   0.645   0.228   0.652 
 1031971   H-2-Kb   8   10   5   t1/2   0.725   0.880   0.818   0.920   0.673   0.760   0.816   0.820   0.733   0.840   0.733   0.840   0.709   0.720   0.927   0.920   0.855   0.960   -   -   -   -   0.455   0.720   0.709   0.920   0.612   0.800   0.515   0.680 
 1032484   H-2-Db   9   14   10   binary   0.235   0.650   0.314   0.700   0.275   0.675   0.039   0.525   0.353   0.725   0.431   0.775   0.392   0.750   0.431   0.775   0.392   0.750   -   -   -   -   -0.275   0.325   0.000   0.500   0.118   0.575   0.353   0.725 
 1032484   H-2-Kb   9   13   11   binary   0.627   1.000   0.627   1.000   0.399   0.818   0.627   1.000   0.627   1.000   0.570   0.955   0.627   1.000   0.513   0.909   0.171   0.636   -   -   -   -   0.000   0.500   0.570   0.955   -   -   0.627   1.000