IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 68 66 70
NetMHCpan 3.0 58 58 59
NetMHCpan 4.0 54 53 55
SMM 45 40 51
ANN 3.4 80 75 84
ANN 4.0 54 54 54
ARB 10 3 16
SMMPMBEC 65 60 70
IEDB Consensus 51 50 52
NetMHCcons 78 78 79
PickPocket 50 38 62
mhcflurry 1.2.0 61 58 64
DeepSeqPa - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1029957   HLA-B*38:01   9   27   11   ic50   0.801   0.960   0.808   0.955   0.794   0.966   0.836   0.989   0.842   1.000   0.819   0.977   0.098   0.653   0.839   0.994   0.839   0.983   0.841   1.000   0.784   0.966   0.798   0.949   -   - 
 1029957   HLA-B*39:06   9   33   21   ic50   0.590   0.806   0.554   0.790   0.396   0.710   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.590   0.806   0.542   0.750   0.793   0.925   -   - 
 315312   HLA-A*31:01   9   10   4   binary   0.711   0.917   0.782   0.958   0.853   1.000   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.640   0.875   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   -   -   -   - 
 315312   HLA-A*66:01   9   16   14   binary   0.041   0.536   0.041   0.536   0.041   0.536   0.205   0.679   0.205   0.679   -0.287   0.250   -   -   0.574   1.000   0.205   0.679   0.123   0.607   0.205   0.679   -0.123   0.393   -   - 
 1031253   HLA-A*03:01   9   14   9   ic50   0.780   0.933   0.767   0.933   0.798   0.956   0.692   0.867   0.727   0.889   0.793   0.956   0.473   0.711   0.754   0.911   0.730   0.900   0.758   0.911   0.710   0.956   0.833   0.956   -   - 
 1031253   HLA-B*07:02   9   13   7   ic50   0.966   1.000   0.966   1.000   0.977   1.000   0.960   1.000   0.960   1.000   0.977   1.000   0.889   1.000   0.971   1.000   0.974   1.000   0.974   1.000   0.875   1.000   0.960   1.000   -   - 
 1031253   HLA-B*27:05   9   12   7   ic50   0.592   0.629   0.567   0.629   0.480   0.571   0.445   0.629   0.595   0.686   0.581   0.686   0.462   0.600   0.456   0.600   0.488   0.657   0.616   0.657   0.487   0.600   0.708   0.714   -   - 
 1031959   HLA-B*27:05   8   97   30   binary   -0.017   0.490   -0.022   0.486   -0.020   0.488   -0.068   0.458   -0.056   0.465   -0.035   0.478   -0.041   0.476   -0.064   0.460   -0.076   0.457   -0.041   0.479   -0.023   0.487   -0.077   0.452   -   - 
 1031959   HLA-B*27:05   9   8457   5837   binary   0.161   0.601   0.180   0.613   0.158   0.599   0.161   0.601   0.163   0.602   0.161   0.601   0.145   0.591   0.159   0.600   0.153   0.596   0.162   0.602   0.151   0.595   0.153   0.596   -   - 
 1031959   HLA-B*27:05   10   7665   5575   binary   0.188   0.622   0.190   0.623   0.190   0.623   0.187   0.621   0.196   0.627   0.181   0.617   0.142   0.592   0.197   0.627   0.189   0.622   0.192   0.625   0.172   0.611   0.188   0.622   -   - 
 1031959   HLA-B*27:05   11   5330   3999   binary   0.230   0.653   0.223   0.648   0.224   0.649   0.212   0.641   0.229   0.653   0.211   0.641   0.179   0.620   0.217   0.645   0.216   0.644   0.230   0.653   0.227   0.649   0.228   0.652   -   - 
 1032559   SLA-1*0401   9   14   2   t1/2   0.788   0.833   0.647   0.750   0.815   0.833   0.382   0.667   0.609   0.833   0.614   0.667   -   -   0.560   0.875   0.382   0.667   0.659   0.833   0.607   0.875   -   -   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   9   18   2   t1/2   0.121   0.688   -0.021   0.531   -0.057   0.469   -0.015   0.250   0.360   0.625   0.132   0.500   -   -   0.297   0.562   -0.027   0.250   0.241   0.594   0.325   0.781   -   -   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   10   10   4   ic50   0.261   0.583   0.200   0.500   0.188   0.500   -   -   0.261   0.542   0.067   0.417   -   -   -   -   0.006   0.375   0.176   0.542   0.418   0.458   -   -   -   -