IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 53 50 56
NetMHCpan 3.0 64 64 63
NetMHCpan 4.0 65 63 67
SMM 39 40 38
ANN 3.4 68 65 71
ANN 4.0 66 69 62
ARB 19 14 25
SMMPMBEC 52 49 55
IEDB Consensus 45 43 47
NetMHCcons 67 59 75
PickPocket 35 30 41
mhcflurry 1.2.0 70 70 70
DeepSeqPa 8 13 4

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1031959   HLA-B*27:05   8   97   30   binary   -0.017   0.490   -0.022   0.486   -0.020   0.488   -0.068   0.458   -0.056   0.465   -0.035   0.478   -0.041   0.476   -0.064   0.460   -0.076   0.457   -0.041   0.479   -0.023   0.487   -0.077   0.452   -   - 
 1031959   HLA-B*27:05   9   8457   5837   binary   0.161   0.601   0.180   0.613   0.158   0.599   0.161   0.601   0.163   0.602   0.161   0.601   0.145   0.591   0.159   0.600   0.153   0.596   0.162   0.602   0.151   0.595   0.153   0.596   -   - 
 1031959   HLA-B*27:05   10   7665   5575   binary   0.188   0.622   0.190   0.623   0.190   0.623   0.187   0.621   0.196   0.627   0.181   0.617   0.142   0.592   0.197   0.627   0.189   0.622   0.192   0.625   0.172   0.611   0.188   0.622   -   - 
 1031959   HLA-B*27:05   11   5330   3999   binary   0.230   0.653   0.223   0.648   0.224   0.649   0.212   0.641   0.229   0.653   0.211   0.641   0.179   0.620   0.217   0.645   0.216   0.644   0.230   0.653   0.227   0.649   0.228   0.652   -   - 
 1032559   SLA-1*0401   9   14   2   t1/2   0.788   0.833   0.647   0.750   0.815   0.833   0.382   0.667   0.609   0.833   0.614   0.667   -   -   0.560   0.875   0.382   0.667   0.659   0.833   0.607   0.875   -   -   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   9   18   2   t1/2   0.121   0.688   -0.021   0.531   -0.057   0.469   -0.015   0.250   0.360   0.625   0.132   0.500   -   -   0.297   0.562   -0.027   0.250   0.241   0.594   0.325   0.781   -   -   -   - 
 1032559   SLA-2*0401   10   10   4   ic50   0.261   0.583   0.200   0.500   0.188   0.500   -   -   0.261   0.542   0.067   0.417   -   -   -   -   0.006   0.375   0.176   0.542   0.418   0.458   -   -   -   - 
 1033071   HLA-A*02:01   9   113   41   ic50   0.809   0.873   0.816   0.876   0.812   0.876   0.802   0.866   0.803   0.873   0.822   0.876   0.787   0.850   0.804   0.866   0.809   0.868   0.808   0.874   0.776   0.852   0.821   0.872   -   - 
 1033071   HLA-A*02:01   10   77   12   ic50   0.833   0.881   0.856   0.891   0.857   0.899   0.832   0.881   0.848   0.915   0.866   0.896   0.801   0.856   0.831   0.883   0.858   0.888   0.838   0.888   0.826   0.878   0.834   0.901   -   - 
 1033576   HLA-A*02:01   9   191   13   binary   0.112   0.628   0.116   0.633   0.113   0.630   0.112   0.632   0.121   0.638   0.147   0.668   0.063   0.573   0.110   0.626   0.130   0.678   0.109   0.652   0.125   0.670   0.123   0.641   0.097   0.611 
 1031072   HLA-A*02:01   9   28   23   ic50   0.802   0.983   0.852   0.991   0.875   1.000   0.862   0.991   0.841   0.983   0.887   1.000   0.847   1.000   0.861   0.991   0.828   0.991   0.837   0.991   0.799   0.974   0.888   1.000   0.824   0.957 
 1031072   HLA-A*02:01   10   16   13   ic50   0.850   0.949   0.835   0.923   0.879   0.949   0.718   0.872   0.756   0.872   0.841   0.923   0.609   0.692   0.709   0.872   0.805   0.872   0.771   0.872   0.712   0.821   0.691   0.821   -   -