IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 57 55 58
NetMHCpan 3.0 57 51 62
NetMHCpan 4.0 77 75 79
SMM 38 37 39
ANN 3.4 62 67 58
ANN 4.0 85 77 93
ARB 50 33 67
SMMPMBEC 34 35 33
IEDB Consensus 40 31 49
NetMHCcons 76 73 79
PickPocket 12 8 17
mhcflurry 1.2.0 90 100 81
DeepSeqPa 27 29 25

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1031072   HLA-A*02:01   9   28   23   ic50   0.802   0.983   0.852   0.991   0.875   1.000   0.862   0.991   0.841   0.983   0.887   1.000   0.847   1.000   0.861   0.991   0.828   0.991   0.837   0.991   0.799   0.974   0.888   1.000   0.824   0.957 
 1031072   HLA-A*02:01   10   16   13   ic50   0.850   0.949   0.835   0.923   0.879   0.949   0.718   0.872   0.756   0.872   0.841   0.923   0.609   0.692   0.709   0.872   0.805   0.872   0.771   0.872   0.712   0.821   0.691   0.821   -   - 
 1031894   HLA-A*02:01   9   434   368   ic50   0.719   0.878   0.739   0.898   0.743   0.901   0.650   0.819   0.717   0.882   0.719   0.880   0.538   0.766   0.653   0.824   0.645   0.818   0.729   0.884   0.567   0.787   0.749   0.863   0.703   0.872 
 1034610   HLA-B*53:01   10   12   8   ic50   0.901   0.889   0.857   0.944   0.860   0.938   0.780   0.833   0.874   0.889   1.000   1.000   -   -   0.698   0.778   0.834   0.861   0.934   0.889   0.828   0.889   -   -   -   - 
 1034799   H-2-Db   9   46   42   ic50   0.676   0.940   0.729   0.952   0.718   0.946   0.617   0.893   0.738   0.988   0.715   0.964   -   -   0.649   0.917   0.644   0.935   0.732   0.958   0.497   0.810   -   -   -   - 
 1034799   H-2-Kb   8   34   31   ic50   0.663   0.914   0.632   0.903   0.638   0.882   0.631   0.903   0.672   0.903   0.644   0.925   -   -   0.616   0.871   0.649   0.914   0.666   0.914   0.512   0.806   -   -   -   - 
 315301   HLA-B*39:09   9   17   10   binary   0.854   1.000   0.781   0.957   0.854   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.854   1.000   0.805   0.971   -   -   -   -