IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 61 60 62
NetMHCpan 3.0 59 55 62
NetMHCpan 4.0 70 72 68
SMM 42 31 52
ANN 3.4 88 93 82
ANN 4.0 75 57 93
ARB - - -
SMMPMBEC 38 35 41
IEDB Consensus 65 60 71
NetMHCcons 81 80 83
PickPocket 20 18 22
mhcflurry 1.2.0 - - -
DeepSeqPa 53 53 53

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1034799   H-2-Db   9   46   42   ic50   0.676   0.940   0.729   0.952   0.718   0.946   0.617   0.893   0.738   0.988   0.715   0.964   -   -   0.649   0.917   0.644   0.935   0.732   0.958   0.497   0.810   -   -   -   - 
 1034799   H-2-Kb   8   34   31   ic50   0.663   0.914   0.632   0.903   0.638   0.882   0.631   0.903   0.672   0.903   0.644   0.925   -   -   0.616   0.871   0.649   0.914   0.666   0.914   0.512   0.806   -   -   -   - 
 315301   HLA-B*39:09   9   17   10   binary   0.854   1.000   0.781   0.957   0.854   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.854   1.000   0.805   0.971   -   -   -   - 
 1034596   HLA-A*02:01   9   10   8   binary   0.000   0.500   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562   -   -   0.087   0.562   0.088   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562   -   -   0.435   0.812 
 1035634   HLA-C*12:02   11   928   926   binary   -0.036   0.263   -0.052   0.161   -0.045   0.221   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.036   0.263   -0.010   0.437   -   -   -   - 
 315217   HLA-B*27:01   9   21   17   binary   0.621   0.956   0.541   0.897   0.501   0.868   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.621   0.956   0.491   0.860   -   -   0.120   0.588 
 315217   HLA-B*27:02   9   19   16   binary   0.527   0.917   0.632   1.000   0.632   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.527   0.917   0.422   0.833   -   -   0.553   0.938