IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 78 75 80
ANN 4.0 53 45 60
ARB - - -
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 45 45 45
NetMHCcons 73 70 75
NetMHCpan 2.8 63 63 63
NetMHCpan 3.0 57 54 59
NetMHCpan 4.0 74 73 75
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 53 51 56
SMM 43 35 50
SMMPMBEC 73 65 80
mhcflurry 1.2.0 - - -

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 315301   HLA-B*39:09   9   17   10   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.854   1.000   0.854   1.000   0.781   0.957   0.854   1.000   -   -   0.805   0.971   -   -   -   -   -   - 
 1034596   HLA-A*02:01   9   10   8   binary   0.087   0.562   0.087   0.562   -   -   -   -   0.088   0.562   0.087   0.562   0.000   0.500   0.087   0.562   0.087   0.562   -   -   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562   -   - 
 315217   HLA-B*27:01   9   21   17   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.621   0.956   0.621   0.956   0.541   0.897   0.501   0.868   -   -   0.491   0.860   -   -   -   -   -   - 
 315217   HLA-B*27:02   9   19   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.527   0.917   0.527   0.917   0.632   1.000   0.632   1.000   -   -   0.422   0.833   -   -   -   -   -   - 
 1035634   HLA-C*12:02   11   928   926   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.036   0.263   -0.036   0.263   -0.052   0.161   -0.045   0.221   -   -   -0.010   0.437   -   -   -   -   -   - 
 1035477   HLA-A*30:01   9   18   3   binary   0.474   0.867   0.445   0.844   -   -   -   -   0.388   0.800   0.474   0.867   0.532   0.911   0.445   0.844   0.474   0.867   -   -   0.618   0.978   0.417   0.822   0.474   0.867   -   - 
 1035477   HLA-A*30:03   9   18   13   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.490   0.815   0.490   0.815   0.514   0.831   0.490   0.815   -   -   0.682   0.938   -   -   -   -   -   -