IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NetMHCpan 2.8 68 68 69
NetMHCpan 3.0 66 67 64
NetMHCpan 4.0 70 69 70
SMM 46 44 47
ANN 3.4 66 66 67
ANN 4.0 41 41 41
ARB 51 51 51
SMMPMBEC 57 55 59
IEDB Consensus 44 44 44
NetMHCcons 72 72 73
PickPocket 54 54 54
mhcflurry 1.2.0 0 0 0
DeepSeqPa 40 40 40

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Length
Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 SMM ANN 3.4 ANN 4.0 ARB SMMPMBEC IEDB Consensus NetMHCcons PickPocket mhcflurry 1.2.0 DeepSeqPa
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 315217   HLA-B*27:01   9   21   17   binary   0.621   0.956   0.541   0.897   0.501   0.868   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.621   0.956   0.491   0.860   -   -   0.120   0.588 
 315217   HLA-B*27:02   9   19   16   binary   0.527   0.917   0.632   1.000   0.632   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.527   0.917   0.422   0.833   -   -   0.553   0.938 
 1035477   HLA-A*30:01   9   18   3   binary   0.532   0.911   0.445   0.844   0.474   0.867   0.417   0.822   0.474   0.867   0.445   0.844   -   -   0.474   0.867   0.388   0.800   0.474   0.867   0.618   0.978   -   -   0.503   0.889 
 1035477   HLA-A*30:03   9   18   13   binary   0.490   0.815   0.514   0.831   0.490   0.815   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.490   0.815   0.682   0.938   -   -   -   - 
 1035929   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   -0.154   0.469   -0.175   0.406   -0.221   0.375   0.102   0.531   -0.228   0.406   -0.218   0.438   -   -   0.084   0.500   0.166   0.516   -0.175   0.469   -0.295   0.359   -   -   -0.144   0.500 
 1036593   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.573   0.844   0.462   0.778   0.499   0.800   0.426   0.756   0.425   0.756   0.388   0.733   0.499   0.800   0.425   0.756   0.426   0.756   0.499   0.800   0.592   0.856   -0.573   0.156   0.129   0.578 
 1036593   HLA-A*03:01   10   10   7   binary   0.478   0.786   0.478   0.786   0.570   0.857   0.478   0.786   0.478   0.786   0.359   0.714   0.717   0.929   0.418   0.750   0.418   0.750   0.657   0.893   0.717   0.929   -0.538   0.179   -   - 
 1036593   HLA-A*11:01   10   11   6   binary   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.608   0.867   0.693   0.900   0.635   0.867   0.693   0.900   0.635   0.867   0.635   0.867   0.751   0.933   0.577   0.833   -0.520   0.200   -   - 
 1036593   HLA-B*07:02   9   19   9   binary   0.558   0.822   0.481   0.778   0.558   0.822   0.577   0.833   0.616   0.856   0.577   0.833   0.539   0.811   0.597   0.844   0.558   0.822   0.558   0.822   0.616   0.856   -0.462   0.233   0.404   0.733 
 1036593   HLA-B*08:01   9   12   8   binary   0.615   0.875   0.768   0.969   0.768   0.969   0.410   0.750   0.666   0.906   0.563   0.844   0.256   0.656   0.512   0.812   0.513   0.812   0.717   0.938   0.256   0.656   -   -   0.717   0.938 
 1035424   H-2-Kb   9   13   8   binary   0.296   0.675   -   -   0.254   0.650   0.507   0.800   -   -   0.338   0.700   0.254   0.650   0.592   0.850   0.571   0.838   0.338   0.700   0.127   0.575   -   -   -   -