IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 16 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 66 66 67
ANN 4.0 56 52 60
ARB 50 45 56
IEDB Consensus 52 51 52
NetMHCcons 67 65 69
NetMHCpan 2.8 61 60 62
NetMHCpan 3.0 65 65 65
NetMHCpan 4.0 BA 70 71 69
NetMHCpan 4.0 EL 39 38 39
NetMHCpan 4.1 BA 78 76 80
NetMHCpan 4.1 EL 45 42 48
PickPocket 48 46 50
SMM 50 48 51
SMMPMBEC 56 52 59
mhcflurry 1.2.0 60 55 64

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1034799   H-2-Db   9   46   42   ic50   0.736   0.988   0.714   0.964   0.565   0.952   0.643   0.935   0.731   0.958   0.675   0.940   0.728   0.952   0.717   0.946   0.631   0.905   -   -   -   -   0.496   0.810   0.616   0.893   0.648   0.917   0.787   0.964 
 1034799   H-2-Kb   8   34   31   ic50   0.679   0.903   0.651   0.925   0.580   0.839   0.662   0.914   0.671   0.914   0.665   0.914   0.635   0.903   0.642   0.882   0.556   0.828   -   -   -   -   0.513   0.806   0.639   0.903   0.623   0.871   0.644   0.925 
 315301   HLA-B*39:09   9   10   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.798   1.000   0.798   1.000   0.798   1.000   0.798   1.000   0.798   1.000   -   -   -   -   0.798   1.000   -   -   -   -   -   - 
 1034596   HLA-A*02:01   9   10   8   binary   0.087   0.562   0.087   0.562   0.261   0.688   0.088   0.562   0.087   0.562   0.000   0.500   0.087   0.562   0.087   0.562   0.000   0.500   -   -   -   -   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562   0.087   0.562 
 1035634   HLA-C*12:02   9   16   13   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.643   0.974   0.643   0.974   0.677   1.000   0.643   0.974   0.677   1.000   -   -   -   -   0.469   0.846   -   -   -   -   -   - 
 315217   HLA-B*27:01   9   16   12   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.658   0.938   0.658   0.938   0.532   0.854   0.470   0.812   0.501   0.833   -   -   -   -   0.454   0.802   -   -   -   -   -   - 
 315217   HLA-B*27:02   9   19   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.527   0.917   0.527   0.917   0.632   1.000   0.632   1.000   0.553   0.938   -   -   -   -   0.422   0.833   -   -   -   -   0.606   0.979 
 1035477   HLA-A*30:01   9   18   3   binary   0.474   0.867   0.445   0.844   0.532   0.911   0.388   0.800   0.474   0.867   0.532   0.911   0.445   0.844   0.474   0.867   0.560   0.933   -   -   -   -   0.618   0.978   0.417   0.822   -   -   0.560   0.933 
 1035477   HLA-A*30:03   9   18   13   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.490   0.815   0.490   0.815   0.514   0.831   0.490   0.815   0.251   0.662   -   -   -   -   0.682   0.938   -   -   -   -   -   - 
 1035929   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   -0.229   0.406   -0.217   0.438   0.098   0.531   0.176   0.516   -0.175   0.469   -0.147   0.469   -0.189   0.406   -0.238   0.375   -0.385   0.188   -0.259   0.438   -0.559   0.125   -0.270   0.359   0.105   0.531   0.084   0.500   -0.182   0.469 
 1036593   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.425   0.756   0.388   0.733   0.499   0.800   0.463   0.778   0.499   0.800   0.573   0.844   0.462   0.778   0.499   0.800   0.425   0.756   0.499   0.800   0.499   0.800   0.592   0.856   0.426   0.756   0.425   0.756   0.203   0.622 
 1036593   HLA-A*03:01   10   11   7   binary   0.478   0.786   0.359   0.714   0.717   0.929   0.418   0.750   0.657   0.893   0.478   0.786   0.478   0.786   0.598   0.857   0.359   0.714   0.598   0.857   0.538   0.821   0.717   0.929   0.478   0.786   0.418   0.750   0.418   0.750 
 1036593   HLA-A*11:01   10   11   6   binary   0.693   0.900   0.635   0.867   0.693   0.900   0.635   0.867   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.462   0.767   0.751   0.933   0.577   0.833   0.577   0.833   0.608   0.867   0.635   0.867   0.693   0.900 
 1036593   HLA-B*07:02   9   19   9   binary   0.616   0.856   0.577   0.833   0.539   0.811   0.540   0.811   0.558   0.822   0.558   0.822   0.481   0.778   0.558   0.822   0.327   0.689   0.616   0.856   0.423   0.744   0.616   0.856   0.577   0.833   0.597   0.844   0.712   0.911 
 1036593   HLA-B*08:01   9   12   8   binary   0.666   0.906   0.563   0.844   0.256   0.656   0.513   0.812   0.717   0.938   0.615   0.875   0.768   0.969   0.768   0.969   0.666   0.906   0.768   0.969   0.717   0.938   0.256   0.656   0.410   0.750   0.512   0.812   0.666   0.906 
 1035424   H-2-Kb   9   13   8   binary   0.423   0.750   0.338   0.700   0.254   0.650   0.571   0.838   0.338   0.700   0.296   0.675   0.127   0.575   0.254   0.650   0.085   0.550   0.296   0.675   0.211   0.625   0.127   0.575   0.507   0.800   0.592   0.850   -0.085   0.450 
 1037140   HLA-A*02:01   9   12   3   ic50   0.557   0.815   0.592   0.889   0.588   0.926   0.582   0.889   0.616   0.852   0.595   0.852   0.634   0.852   0.683   0.889   0.123   0.741   0.644   0.889   0.543   0.778   0.599   0.889   0.630   0.926   0.630   0.926   0.585   0.889 
 1037261   HLA-B*07:02   9   52   50   binary   0.200   0.800   0.233   0.850   0.033   0.550   0.258   0.885   0.187   0.780   0.200   0.800   0.187   0.780   0.193   0.790   0.157   0.735   0.200   0.800   0.187   0.780   0.167   0.750   0.267   0.900   0.267   0.900   0.253   0.880 
 1037198   HLA-A*02:01   9   18   16   binary   0.546   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.547   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000 
 1037014   HLA-A*02:01   9   16   11   binary   0.629   0.891   0.600   0.873   0.541   0.836   0.573   0.855   0.629   0.891   0.600   0.873   0.659   0.909   0.687   0.927   0.658   0.909   0.687   0.927   0.687   0.927   0.658   0.909   0.541   0.836   0.542   0.836   0.570   0.855 
 1037619   HLA-B*07:02   10   11   8   t1/2   0.406   0.583   0.510   0.583   0.569   0.875   0.522   0.562   0.337   0.583   0.173   0.500   0.437   0.583   0.460   0.625   0.487   0.583   0.360   0.583   0.378   0.583   0.169   0.500   0.424   0.542   0.483   0.583   0.410   0.583 
 1037619   HLA-B*07:02   11   12   8   t1/2   0.060   0.562   0.249   0.656   -   -   0.132   0.562   0.102   0.562   0.126   0.562   0.263   0.625   0.256   0.688   -0.088   0.469   0.095   0.594   -0.319   0.375   0.053   0.500   0.147   0.562   0.091   0.375   0.039   0.562 
 1037762   HLA-E*01:01   9   69   43   binary   0.059   0.535   0.059   0.535   -   -   0.038   0.523   -   -   0.146   0.587   0.089   0.553   0.071   0.542   -0.008   0.495   0.165   0.598   0.032   0.519   -0.052   0.471   0.013   0.509   -0.081   0.452   -   - 
 1037480   HLA-E*01:01   9   142   56   binary   0.525   0.810   0.520   0.807   -   -   0.464   0.775   -   -   0.622   0.867   0.600   0.854   0.600   0.854   0.362   0.714   0.608   0.859   0.394   0.733   0.370   0.720   0.441   0.761   0.447   0.764   -   - 
 1037480   HLA-E*01:01   9   11   4   ic50   0.717   1.000   0.658   1.000   -   -   0.612   1.000   -   -   0.461   0.964   0.553   0.964   0.575   0.964   0.484   0.821   0.553   0.964   0.466   0.786   0.658   1.000   0.690   1.000   0.603   1.000   -   -