IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 14 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 64 63 65
ANN 4.0 54 51 57
ARB 49 45 52
IEDB Consensus 53 52 53
NetMHCcons 65 61 68
NetMHCpan 2.8 60 58 63
NetMHCpan 3.0 64 63 65
NetMHCpan 4.0 BA 73 72 74
NetMHCpan 4.0 EL 32 32 33
NetMHCpan 4.1 BA 78 75 81
NetMHCpan 4.1 EL 39 37 42
PickPocket 50 48 52
SMM 53 53 54
SMMPMBEC 59 56 62
mhcflurry 1.2.0 58 54 62

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 315217   HLA-B*27:01   9   16   12   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.658   0.938   0.658   0.938   0.532   0.854   0.470   0.812   0.501   0.833   -   -   -   -   0.454   0.802   -   -   -   -   -   - 
 315217   HLA-B*27:02   9   19   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.527   0.917   0.527   0.917   0.632   1.000   0.632   1.000   0.553   0.938   -   -   -   -   0.422   0.833   -   -   -   -   0.606   0.979 
 1035477   HLA-A*30:01   9   18   3   binary   0.474   0.867   0.445   0.844   0.532   0.911   0.388   0.800   0.474   0.867   0.532   0.911   0.445   0.844   0.474   0.867   0.560   0.933   -   -   -   -   0.618   0.978   0.417   0.822   -   -   0.560   0.933 
 1035477   HLA-A*30:03   9   18   13   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.490   0.815   0.490   0.815   0.514   0.831   0.490   0.815   0.251   0.662   -   -   -   -   0.682   0.938   -   -   -   -   -   - 
 1035929   HLA-A*02:01   9   12   8   ic50   -0.229   0.406   -0.217   0.438   0.098   0.531   0.176   0.516   -0.175   0.469   -0.147   0.469   -0.189   0.406   -0.238   0.375   -0.385   0.188   -0.259   0.438   -0.559   0.125   -0.270   0.359   0.105   0.531   0.084   0.500   -0.182   0.469 
 1036593   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.425   0.756   0.388   0.733   0.499   0.800   0.463   0.778   0.499   0.800   0.573   0.844   0.462   0.778   0.499   0.800   0.425   0.756   0.499   0.800   0.499   0.800   0.592   0.856   0.426   0.756   0.425   0.756   0.203   0.622 
 1036593   HLA-A*03:01   10   11   7   binary   0.478   0.786   0.359   0.714   0.717   0.929   0.418   0.750   0.657   0.893   0.478   0.786   0.478   0.786   0.598   0.857   0.359   0.714   0.598   0.857   0.538   0.821   0.717   0.929   0.478   0.786   0.418   0.750   0.418   0.750 
 1036593   HLA-A*11:01   10   11   6   binary   0.693   0.900   0.635   0.867   0.693   0.900   0.635   0.867   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.751   0.933   0.462   0.767   0.751   0.933   0.577   0.833   0.577   0.833   0.608   0.867   0.635   0.867   0.693   0.900 
 1036593   HLA-B*07:02   9   19   9   binary   0.616   0.856   0.577   0.833   0.539   0.811   0.540   0.811   0.558   0.822   0.558   0.822   0.481   0.778   0.558   0.822   0.327   0.689   0.616   0.856   0.423   0.744   0.616   0.856   0.577   0.833   0.597   0.844   0.712   0.911 
 1036593   HLA-B*08:01   9   12   8   binary   0.666   0.906   0.563   0.844   0.256   0.656   0.513   0.812   0.717   0.938   0.615   0.875   0.768   0.969   0.768   0.969   0.666   0.906   0.768   0.969   0.717   0.938   0.256   0.656   0.410   0.750   0.512   0.812   0.666   0.906 
 1035424   H-2-Kb   9   13   8   binary   0.423   0.750   0.338   0.700   0.254   0.650   0.571   0.838   0.338   0.700   0.296   0.675   0.127   0.575   0.254   0.650   0.085   0.550   0.296   0.675   0.211   0.625   0.127   0.575   0.507   0.800   0.592   0.850   -0.085   0.450 
 1037140   HLA-A*02:01   9   12   3   ic50   0.557   0.815   0.592   0.889   0.588   0.926   0.582   0.889   0.616   0.852   0.595   0.852   0.634   0.852   0.683   0.889   0.123   0.741   0.644   0.889   0.543   0.778   0.599   0.889   0.630   0.926   0.630   0.926   0.585   0.889 
 1037261   HLA-B*07:02   9   52   50   binary   0.200   0.800   0.233   0.850   0.033   0.550   0.258   0.885   0.187   0.780   0.200   0.800   0.187   0.780   0.193   0.790   0.157   0.735   0.200   0.800   0.187   0.780   0.167   0.750   0.267   0.900   0.267   0.900   0.253   0.880 
 1037198   HLA-A*02:01   9   18   16   binary   0.546   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.547   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000   0.545   1.000 
 1037014   HLA-A*02:01   9   16   11   binary   0.629   0.891   0.600   0.873   0.541   0.836   0.573   0.855   0.629   0.891   0.600   0.873   0.659   0.909   0.687   0.927   0.658   0.909   0.687   0.927   0.687   0.927   0.658   0.909   0.541   0.836   0.542   0.836   0.570   0.855 
 1037619   HLA-B*07:02   10   11   8   t1/2   0.406   0.583   0.510   0.583   0.569   0.875   0.522   0.562   0.337   0.583   0.173   0.500   0.437   0.583   0.460   0.625   0.487   0.583   0.360   0.583   0.378   0.583   0.169   0.500   0.424   0.542   0.483   0.583   0.410   0.583 
 1037619   HLA-B*07:02   11   12   8   t1/2   0.060   0.562   0.249   0.656   -   -   0.132   0.562   0.102   0.562   0.126   0.562   0.263   0.625   0.256   0.688   -0.088   0.469   0.095   0.594   -0.319   0.375   0.053   0.500   0.147   0.562   0.091   0.375   0.039   0.562 
 1037762   HLA-E*01:01   9   69   43   binary   0.059   0.535   0.059   0.535   -   -   0.038   0.523   -   -   0.146   0.587   0.089   0.553   0.071   0.542   -0.008   0.495   0.165   0.598   0.032   0.519   -0.052   0.471   0.013   0.509   -0.081   0.452   -   - 
 1037480   HLA-E*01:01   9   142   56   binary   0.525   0.810   0.520   0.807   -   -   0.464   0.775   -   -   0.622   0.867   0.600   0.854   0.600   0.854   0.362   0.714   0.608   0.859   0.394   0.733   0.370   0.720   0.441   0.761   0.447   0.764   -   - 
 1037480   HLA-E*01:01   9   11   4   ic50   0.717   1.000   0.658   1.000   -   -   0.612   1.000   -   -   0.461   0.964   0.553   0.964   0.575   0.964   0.484   0.821   0.553   0.964   0.466   0.786   0.658   1.000   0.690   1.000   0.603   1.000   -   - 
 1037766   HLA-A*02:01   9   82   70   binary   0.462   0.877   0.462   0.877   0.340   0.777   0.451   0.868   0.478   0.890   0.480   0.892   0.504   0.912   0.507   0.914   0.429   0.850   0.497   0.906   0.423   0.845   0.448   0.866   0.440   0.860   0.435   0.855   0.477   0.889 
 1037812   HLA-A*11:01   9   22   9   ic50   0.913   0.974   0.896   0.974   0.875   0.923   0.907   0.974   0.891   0.974   0.891   0.974   0.898   0.983   0.892   0.983   0.788   0.906   0.893   0.983   -0.018   0.538   0.777   0.893   0.936   0.974   0.924   0.974   0.907   0.974