IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 53 53 53
ANN 4.0 47 47 47
ARB 29 26 33
DeepSeqPa - - -
IEDB Consensus 53 54 53
NetMHCcons 56 56 55
NetMHCpan 2.8 57 57 56
NetMHCpan 3.0 57 56 58
NetMHCpan 4.0 71 74 68
NetMHCpan 4.1 - - -
PickPocket 53 52 54
SMM 60 58 62
SMMPMBEC 67 66 69
mhcflurry 1.2.0 90 91 89

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB DeepSeqPa IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 NetMHCpan 4.1 PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1038307   HLA-A*02:01   9   10   6   binary   0.711   0.917   0.711   0.917   0.569   0.833   -   -   -   -   0.711   0.917   0.782   0.958   0.711   0.917   0.782   0.958   -   -   0.711   0.917   0.711   0.917   0.711   0.917   0.782   0.958 
 1038759   H-2-Kb   9   12   7   binary   0.269   0.657   0.171   0.600   -0.220   0.371   -   -   0.074   0.543   0.367   0.714   0.367   0.714   0.196   0.614   0.171   0.600   -   -   0.073   0.543   0.073   0.543   0.269   0.657   0.416   0.743 
 1037887   H-2-Kd   8   22   2   ic50   0.481   0.550   0.412   0.625   -   -   -   -   0.542   0.575   0.471   0.550   0.469   0.575   0.569   0.650   -   -   -   -   0.413   0.600   0.617   0.575   0.565   0.575   0.596   0.675 
 1037887   H-2-Kd   9   38   16   ic50   0.778   0.946   0.792   0.972   0.727   0.960   -   -   0.797   0.967   0.797   0.960   0.827   0.977   0.793   0.952   0.820   0.966   -   -   0.817   0.980   0.791   0.969   0.798   0.969   -   - 
 1037887   H-2-Kd   10   34   11   ic50   0.454   0.609   0.299   0.502   0.155   0.549   -   -   0.412   0.573   0.362   0.561   0.150   0.439   0.288   0.518   0.326   0.538   -   -   0.209   0.470   0.579   0.708   0.575   0.700   0.579   0.664 
 1037887   H-2-Kd   11   38   11   ic50   0.706   0.835   0.661   0.791   -   -   -   -   0.770   0.828   0.648   0.815   0.557   0.778   0.614   0.815   0.627   0.811   -   -   0.539   0.774   0.790   0.832   0.788   0.842   -   - 
 1039262   HLA-A*02:01   9   11   8   binary   0.194   0.625   0.129   0.583   0.065   0.542   -   -   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   -   -   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583 
 1039262   HLA-B*08:01   9   11   2   binary   0.671   1.000   0.596   0.944   0.522   0.889   -   -   0.522   0.889   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   -   -   0.447   0.833   0.596   0.944   0.671   1.000   -   - 
 1039262   HLA-B*15:01   9   11   7   binary   0.418   0.750   0.418   0.750   0.478   0.786   -   -   0.538   0.821   0.299   0.679   0.299   0.679   0.418   0.750   0.478   0.786   -   -   0.539   0.821   0.478   0.786   0.598   0.857   0.478   0.786 
 1039262   HLA-B*35:01   9   14   11   binary   0.151   0.606   0.194   0.636   0.497   0.848   -   -   0.238   0.667   0.151   0.606   0.022   0.515   0.410   0.788   0.453   0.818   -   -   0.584   0.909   0.238   0.667   0.238   0.667   -   - 
 1039262   HLA-B*39:01   9   10   4   binary   0.213   0.625   0.284   0.667   0.071   0.542   -   -   0.497   0.792   0.569   0.833   0.853   1.000   0.853   1.000   0.853   1.000   -   -   0.711   0.917   0.569   0.833   0.569   0.833   -   - 
 1039262   HLA-B*52:01   9   12   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.139   0.407   -0.139   0.407   0.307   0.704   0.362   0.741   -   -   0.307   0.704   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-C*07:01   9   16   5   binary   0.219   0.636   0.453   0.782   -   -   -   -   0.483   0.800   0.424   0.764   0.483   0.800   0.395   0.745   0.219   0.636   -   -   0.687   0.927   0.483   0.800   0.190   0.618   -   - 
 1039330   HLA-A*02:01   9   28   2   binary   0.378   0.923   0.378   0.923   0.309   0.846   -   -   0.275   0.808   0.378   0.923   0.343   0.885   0.343   0.885   0.378   0.923   -   -   0.206   0.731   0.258   0.788   0.275   0.808   -   -