IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 51 49 53
ANN 4.0 49 49 50
ARB 34 32 36
IEDB Consensus 61 62 60
NetMHCcons 47 46 49
NetMHCpan 2.8 47 48 46
NetMHCpan 3.0 59 58 61
NetMHCpan 4.0 BA 62 61 63
NetMHCpan 4.0 EL 42 38 47
NetMHCpan 4.1 BA 63 60 66
NetMHCpan 4.1 EL 45 40 50
PickPocket 54 54 55
SMM 64 68 59
SMMPMBEC 63 67 60
mhcflurry 1.2.0 70 65 75

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037887   H-2-Kd   8   22   2   ic50   0.481   0.550   0.412   0.625   -   -   0.542   0.575   0.471   0.550   0.469   0.575   0.569   0.650   0.535   0.650   0.281   0.925   0.527   0.650   0.297   0.925   0.413   0.600   0.617   0.575   0.565   0.575   0.596   0.675 
 1037887   H-2-Kd   9   38   16   ic50   0.778   0.946   0.792   0.972   0.727   0.960   0.797   0.967   0.797   0.960   0.827   0.977   0.793   0.952   0.820   0.966   0.460   0.790   0.835   0.974   0.332   0.707   0.817   0.980   0.791   0.969   0.798   0.969   0.853   0.974 
 1037887   H-2-Kd   10   34   11   ic50   0.454   0.609   0.299   0.502   0.155   0.549   0.412   0.573   0.362   0.561   0.150   0.439   0.288   0.518   0.326   0.538   0.312   0.609   0.318   0.542   0.189   0.549   0.209   0.470   0.579   0.708   0.575   0.700   0.579   0.664 
 1037887   H-2-Kd   11   38   11   ic50   0.706   0.835   0.661   0.791   -   -   0.770   0.828   0.648   0.815   0.557   0.778   0.614   0.815   0.627   0.811   0.421   0.721   0.649   0.832   0.537   0.764   0.539   0.774   0.790   0.832   0.788   0.842   0.801   0.865 
 1039330   HLA-A*02:01   9   28   2   binary   0.378   0.923   0.378   0.923   0.309   0.846   0.275   0.808   0.378   0.923   0.343   0.885   0.343   0.885   0.378   0.923   0.137   0.654   0.395   0.942   0.120   0.635   0.206   0.731   0.258   0.788   0.275   0.808   0.378   0.923 
 1039262   HLA-A*02:01   9   11   8   binary   0.194   0.625   0.129   0.583   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   -0.065   0.458   0.000   0.500   0.162   0.604   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583 
 1039262   HLA-B*08:01   9   11   2   binary   0.671   1.000   0.596   0.944   0.522   0.889   0.522   0.889   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.522   0.889   0.671   1.000   0.671   1.000   0.447   0.833   0.596   0.944   0.671   1.000   0.671   1.000 
 1039262   HLA-B*15:01   9   11   7   binary   0.418   0.750   0.418   0.750   0.478   0.786   0.538   0.821   0.299   0.679   0.299   0.679   0.418   0.750   0.478   0.786   0.299   0.679   0.478   0.786   0.299   0.679   0.539   0.821   0.478   0.786   0.598   0.857   0.478   0.786 
 1039262   HLA-B*35:01   9   14   11   binary   0.151   0.606   0.194   0.636   0.497   0.848   0.238   0.667   0.151   0.606   0.022   0.515   0.410   0.788   0.453   0.818   0.540   0.879   0.281   0.697   0.540   0.879   0.584   0.909   0.238   0.667   0.238   0.667   0.238   0.667 
 1039262   HLA-B*39:01   9   10   4   binary   0.213   0.625   0.284   0.667   0.071   0.542   0.497   0.792   0.569   0.833   0.853   1.000   0.853   1.000   0.853   1.000   0.711   0.917   0.853   1.000   0.640   0.875   0.711   0.917   0.569   0.833   0.569   0.833   0.569   0.833 
 1039262   HLA-B*52:01   9   12   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.139   0.407   -0.139   0.407   0.307   0.704   0.362   0.741   0.028   0.519   0.251   0.667   0.418   0.778   0.307   0.704   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-C*07:01   9   16   5   binary   0.219   0.636   0.453   0.782   -   -   0.483   0.800   0.424   0.764   0.483   0.800   0.395   0.745   0.219   0.636   -0.102   0.436   0.336   0.709   -0.015   0.491   0.687   0.927   0.483   0.800   0.190   0.618   -   - 
 1038983   HLA-A*02:01   9   19   2   ic50   0.464   0.838   0.467   0.824   0.528   0.794   0.386   0.853   0.433   0.794   0.419   0.794   0.516   0.882   0.463   0.912   0.518   0.971   0.458   0.941   0.426   0.882   0.505   0.794   0.495   0.853   0.495   0.824   0.398   0.853 
 1038983   HLA-A*03:01   9   14   4   ic50   0.741   0.900   0.767   0.950   0.521   0.800   0.745   0.900   0.723   0.900   0.723   0.850   0.670   0.850   0.640   0.825   0.833   0.900   0.640   0.825   0.780   0.875   0.323   0.650   0.692   0.825   0.670   0.825   0.644   0.875 
 1038983   HLA-A*03:01   10   13   3   ic50   0.746   1.000   0.751   0.933   0.531   0.900   0.779   0.933   0.729   1.000   0.735   1.000   0.707   0.933   0.707   0.933   0.677   0.900   0.696   0.900   0.669   0.867   0.730   1.000   0.779   0.900   0.748   0.900   0.726   1.000 
 1038983   HLA-A*24:02   9   16   3   ic50   0.274   0.692   0.400   0.769   0.371   0.769   0.435   0.744   0.318   0.692   0.406   0.667   0.347   0.692   0.326   0.667   0.509   0.795   0.388   0.692   0.485   0.821   0.462   0.744   0.421   0.718   0.388   0.718   0.335   0.692 
 1038983   HLA-B*07:02   9   15   4   ic50   0.399   0.534   0.361   0.523   -0.275   0.250   0.413   0.534   0.311   0.477   0.350   0.545   0.368   0.659   0.311   0.636   0.393   0.545   0.375   0.636   0.325   0.591   0.280   0.545   0.500   0.523   0.414   0.523   0.214   0.500 
 1039280   HLA-A*02:01   9   41   23   binary   0.509   0.796   0.498   0.790   0.386   0.725   0.622   0.861   0.503   0.792   0.507   0.795   0.615   0.857   0.582   0.838   0.390   0.727   0.557   0.824   0.474   0.775   0.573   0.833   0.619   0.860   0.623   0.862   0.528   0.807