IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 9 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 48 44 52
ANN 4.0 54 53 55
ARB 30 30 30
IEDB Consensus 55 55 55
NetMHCcons 60 55 64
NetMHCpan 2.8 58 58 58
NetMHCpan 3.0 69 65 72
NetMHCpan 4.0 BA 75 73 77
NetMHCpan 4.0 EL 46 44 48
NetMHCpan 4.1 BA 70 66 73
NetMHCpan 4.1 EL 53 51 54
PickPocket 45 44 46
SMM 47 49 46
SMMPMBEC 49 49 49
mhcflurry 1.2.0 56 52 59

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039330   HLA-A*02:01   9   28   2   binary   0.378   0.923   0.378   0.923   0.309   0.846   0.275   0.808   0.378   0.923   0.343   0.885   0.343   0.885   0.378   0.923   0.137   0.654   0.395   0.942   0.120   0.635   0.206   0.731   0.258   0.788   0.275   0.808   0.378   0.923 
 1039262   HLA-A*02:01   9   11   8   binary   0.194   0.625   0.129   0.583   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583   -0.065   0.458   0.000   0.500   0.162   0.604   0.065   0.542   0.065   0.542   0.065   0.542   0.129   0.583 
 1039262   HLA-B*08:01   9   11   2   binary   0.671   1.000   0.596   0.944   0.522   0.889   0.522   0.889   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.671   1.000   0.522   0.889   0.671   1.000   0.671   1.000   0.447   0.833   0.596   0.944   0.671   1.000   0.671   1.000 
 1039262   HLA-B*15:01   9   11   7   binary   0.418   0.750   0.418   0.750   0.478   0.786   0.538   0.821   0.299   0.679   0.299   0.679   0.418   0.750   0.478   0.786   0.299   0.679   0.478   0.786   0.299   0.679   0.539   0.821   0.478   0.786   0.598   0.857   0.478   0.786 
 1039262   HLA-B*35:01   9   14   11   binary   0.151   0.606   0.194   0.636   0.497   0.848   0.238   0.667   0.151   0.606   0.022   0.515   0.410   0.788   0.453   0.818   0.540   0.879   0.281   0.697   0.540   0.879   0.584   0.909   0.238   0.667   0.238   0.667   0.238   0.667 
 1039262   HLA-B*39:01   9   10   4   binary   0.213   0.625   0.284   0.667   0.071   0.542   0.497   0.792   0.569   0.833   0.853   1.000   0.853   1.000   0.853   1.000   0.711   0.917   0.853   1.000   0.640   0.875   0.711   0.917   0.569   0.833   0.569   0.833   0.569   0.833 
 1039262   HLA-B*52:01   9   12   3   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.139   0.407   -0.139   0.407   0.307   0.704   0.362   0.741   0.028   0.519   0.251   0.667   0.418   0.778   0.307   0.704   -   -   -   -   -   - 
 1039262   HLA-C*07:01   9   16   5   binary   0.219   0.636   0.453   0.782   -   -   0.483   0.800   0.424   0.764   0.483   0.800   0.395   0.745   0.219   0.636   -0.102   0.436   0.336   0.709   -0.015   0.491   0.687   0.927   0.483   0.800   0.190   0.618   -   - 
 1038983   HLA-A*02:01   9   19   2   ic50   0.464   0.838   0.467   0.824   0.528   0.794   0.386   0.853   0.433   0.794   0.419   0.794   0.516   0.882   0.463   0.912   0.518   0.971   0.458   0.941   0.426   0.882   0.505   0.794   0.495   0.853   0.495   0.824   0.398   0.853 
 1038983   HLA-A*03:01   9   14   4   ic50   0.741   0.900   0.767   0.950   0.521   0.800   0.745   0.900   0.723   0.900   0.723   0.850   0.670   0.850   0.640   0.825   0.833   0.900   0.640   0.825   0.780   0.875   0.323   0.650   0.692   0.825   0.670   0.825   0.644   0.875 
 1038983   HLA-A*03:01   10   13   3   ic50   0.746   1.000   0.751   0.933   0.531   0.900   0.779   0.933   0.729   1.000   0.735   1.000   0.707   0.933   0.707   0.933   0.677   0.900   0.696   0.900   0.669   0.867   0.730   1.000   0.779   0.900   0.748   0.900   0.726   1.000 
 1038983   HLA-A*24:02   9   16   3   ic50   0.274   0.692   0.400   0.769   0.371   0.769   0.435   0.744   0.318   0.692   0.406   0.667   0.347   0.692   0.326   0.667   0.509   0.795   0.388   0.692   0.485   0.821   0.462   0.744   0.421   0.718   0.388   0.718   0.335   0.692 
 1038983   HLA-B*07:02   9   15   4   ic50   0.399   0.534   0.361   0.523   -0.275   0.250   0.413   0.534   0.311   0.477   0.350   0.545   0.368   0.659   0.311   0.636   0.393   0.545   0.375   0.636   0.325   0.591   0.280   0.545   0.500   0.523   0.414   0.523   0.214   0.500 
 1039280   HLA-A*02:01   9   41   23   binary   0.509   0.796   0.498   0.790   0.386   0.725   0.622   0.861   0.503   0.792   0.507   0.795   0.615   0.857   0.582   0.838   0.390   0.727   0.557   0.824   0.474   0.775   0.573   0.833   0.619   0.860   0.623   0.862   0.528   0.807 
 1039423   HLA-A*02:01   9   25   4   ic50   0.502   0.750   0.560   0.726   0.375   0.714   0.392   0.738   0.539   0.786   0.574   0.786   0.523   0.762   0.560   0.798   0.557   0.869   0.608   0.857   0.516   0.857   0.560   0.798   0.452   0.762   0.464   0.774   0.551   0.774 
 1039423   HLA-A*03:01   9   12   3   ic50   0.701   0.889   0.606   0.889   0.718   0.852   0.834   0.963   0.809   0.963   0.760   0.963   0.697   0.889   0.732   0.926   0.613   0.852   0.655   0.889   -   -   0.582   0.759   0.732   0.889   0.743   0.889   0.736   0.889 
 1039423   HLA-A*24:02   9   19   10   ic50   0.416   0.544   0.472   0.622   0.337   0.567   0.346   0.522   0.553   0.689   0.612   0.811   0.700   0.856   0.675   0.844   0.749   0.911   0.621   0.833   0.649   0.878   0.483   0.672   0.138   0.394   0.196   0.444   0.416   0.578 
 1039423   HLA-A*24:02   10   15   8   ic50   0.561   0.857   0.589   0.875   0.436   0.750   0.564   0.857   0.550   0.875   0.582   0.893   0.536   0.875   0.554   0.875   0.471   0.839   0.496   0.857   0.425   0.804   0.504   0.857   0.454   0.768   0.450   0.821   0.621   0.875 
 1039423   HLA-B*07:02   9   15   5   ic50   0.742   0.940   0.717   0.940   0.434   0.780   0.705   0.940   0.811   0.960   0.811   0.960   0.735   1.000   0.795   1.000   0.652   0.860   0.775   0.980   0.746   0.920   0.440   0.780   0.712   0.920   0.737   0.940   0.708   0.960 
 1039777   H-2-Db   9   10   3   ic50   0.705   1.000   0.925   1.000   0.772   0.952   0.860   1.000   0.705   1.000   0.743   1.000   0.821   1.000   0.834   1.000   0.666   1.000   0.821   1.000   0.743   1.000   0.705   0.905   0.860   1.000   0.860   1.000   0.925   1.000 
 1039777   H-2-Kb   8   14   4   ic50   0.636   0.850   0.666   0.925   0.636   0.900   0.645   0.850   0.707   0.900   0.705   0.875   0.801   0.950   0.824   0.975   0.787   0.975   0.805   0.925   0.821   1.000   0.549   0.725   0.581   0.825   0.581   0.825   0.778   0.950 
 1039777   H-2-Kb   9   10   2   ic50   0.648   0.938   0.770   1.000   0.442   0.750   0.733   0.938   0.818   1.000   0.855   1.000   0.830   1.000   0.842   1.000   0.830   0.875   0.818   1.000   0.855   0.938   0.782   1.000   0.661   0.875   0.661   0.875   0.794   0.938 
 1039793   HLA-A*02:01   9   26   21   binary   0.639   0.971   0.644   0.971   0.670   0.990   0.679   0.995   0.657   0.981   0.618   0.952   0.631   0.962   0.657   0.981   0.228   0.667   0.644   0.971   0.319   0.733   0.670   0.990   0.670   0.990   0.670   0.990   0.670   0.990 
 1039793   HLA-A*02:03   9   20   15   binary   0.542   0.860   0.531   0.853   0.110   0.573   0.421   0.780   0.551   0.867   0.531   0.853   0.551   0.867   0.601   0.900   0.431   0.787   0.571   0.880   0.451   0.800   0.471   0.813   0.431   0.787   0.431   0.787   0.411   0.773 
 1039793   HLA-A*02:06   9   17   10   binary   0.122   0.571   -   -   0.146   0.586   0.195   0.614   0.268   0.657   0.268   0.657   0.317   0.686   0.317   0.686   0.073   0.543   0.342   0.700   0.098   0.557   0.146   0.586   0.171   0.600   0.220   0.629   0.342   0.700 
 1039793   HLA-A*11:01   9   29   22   binary   0.414   0.779   0.443   0.799   0.347   0.734   0.448   0.802   0.453   0.805   0.472   0.818   0.482   0.825   0.482   0.825   0.472   0.818   0.482   0.825   0.496   0.834   0.453   0.805   0.433   0.792   0.433   0.792   0.501   0.838 
 1039793   HLA-A*24:02   10   13   7   binary   0.660   0.881   0.660   0.881   0.495   0.786   0.743   0.929   0.701   0.905   0.619   0.857   0.784   0.952   0.742   0.929   0.742   0.929   0.742   0.929   0.784   0.952   0.640   0.869   0.660   0.881   0.577   0.833   0.536   0.810 
 1039793   HLA-A*33:03   9   21   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.037   0.525   0.037   0.525   0.037   0.525   0.129   0.587   0.065   0.544   0.055   0.538   -0.037   0.475   0.102   0.569   -   -   -   -   -   - 
 1039752   HLA-A*03:01   9   24   16   ic50   0.236   0.641   0.196   0.586   0.351   0.672   0.187   0.488   0.251   0.648   0.217   0.625   0.272   0.594   0.262   0.625   0.471   0.727   0.278   0.648   -   -   -0.056   0.500   0.083   0.395   0.085   0.406   0.222   0.539 
 1039752   HLA-B*27:05   9   25   21   ic50   0.411   0.851   0.316   0.690   0.054   0.750   0.481   0.690   0.445   0.869   0.438   0.810   0.359   0.726   0.486   0.702   0.146   0.524   0.279   0.643   0.147   0.565   0.071   0.548   0.458   0.869   0.394   0.917   0.217   0.714 
 1040276   HLA-A*02:01   9   21   14   binary   0.551   0.837   0.500   0.806   0.367   0.724   0.393   0.755   0.551   0.837   0.534   0.827   0.500   0.806   0.500   0.806   0.350   0.714   0.551   0.837   0.350   0.714   0.450   0.776   0.392   0.750   0.467   0.786   0.150   0.592 
 1040276   HLA-A*02:01   10   11   7   binary   -0.060   0.464   0.179   0.607   0.060   0.536   0.120   0.571   -0.120   0.429   -0.120   0.429   0.418   0.750   0.179   0.607   0.060   0.536   0.179   0.607   0.120   0.571   -0.299   0.321   0.000   0.500   0.000   0.500   -0.179   0.393