IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 12 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 51 49 54
ANN 4.0 61 60 63
ARB 37 35 38
IEDB Consensus 61 61 62
NetMHCcons 63 60 66
NetMHCpan 2.8 62 61 63
NetMHCpan 3.0 71 69 73
NetMHCpan 4.0 BA 72 72 73
NetMHCpan 4.0 EL 43 41 45
NetMHCpan 4.1 BA 72 70 74
NetMHCpan 4.1 EL 46 45 47
PickPocket 50 49 52
SMM 50 49 50
SMMPMBEC 52 50 54
mhcflurry 1.2.0 55 55 56

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1039423   HLA-A*02:01   9   25   4   ic50   0.502   0.750   0.560   0.726   0.375   0.714   0.392   0.738   0.539   0.786   0.574   0.786   0.523   0.762   0.560   0.798   0.557   0.869   0.608   0.857   0.516   0.857   0.560   0.798   0.452   0.762   0.464   0.774   0.551   0.774 
 1039423   HLA-A*03:01   9   12   3   ic50   0.701   0.889   0.606   0.889   0.718   0.852   0.834   0.963   0.809   0.963   0.760   0.963   0.697   0.889   0.732   0.926   0.613   0.852   0.655   0.889   -   -   0.582   0.759   0.732   0.889   0.743   0.889   0.736   0.889 
 1039423   HLA-A*24:02   9   19   10   ic50   0.416   0.544   0.472   0.622   0.337   0.567   0.346   0.522   0.553   0.689   0.612   0.811   0.700   0.856   0.675   0.844   0.749   0.911   0.621   0.833   0.649   0.878   0.483   0.672   0.138   0.394   0.196   0.444   0.416   0.578 
 1039423   HLA-A*24:02   10   15   8   ic50   0.561   0.857   0.589   0.875   0.436   0.750   0.564   0.857   0.550   0.875   0.582   0.893   0.536   0.875   0.554   0.875   0.471   0.839   0.496   0.857   0.425   0.804   0.504   0.857   0.454   0.768   0.450   0.821   0.621   0.875 
 1039423   HLA-B*07:02   9   15   5   ic50   0.742   0.940   0.717   0.940   0.434   0.780   0.705   0.940   0.811   0.960   0.811   0.960   0.735   1.000   0.795   1.000   0.652   0.860   0.775   0.980   0.746   0.920   0.440   0.780   0.712   0.920   0.737   0.940   0.708   0.960 
 1039777   H-2-Db   9   10   3   ic50   0.705   1.000   0.925   1.000   0.772   0.952   0.860   1.000   0.705   1.000   0.743   1.000   0.821   1.000   0.834   1.000   0.666   1.000   0.821   1.000   0.743   1.000   0.705   0.905   0.860   1.000   0.860   1.000   0.925   1.000 
 1039777   H-2-Kb   8   14   4   ic50   0.636   0.850   0.666   0.925   0.636   0.900   0.645   0.850   0.707   0.900   0.705   0.875   0.801   0.950   0.824   0.975   0.787   0.975   0.805   0.925   0.821   1.000   0.549   0.725   0.581   0.825   0.581   0.825   0.778   0.950 
 1039777   H-2-Kb   9   10   2   ic50   0.648   0.938   0.770   1.000   0.442   0.750   0.733   0.938   0.818   1.000   0.855   1.000   0.830   1.000   0.842   1.000   0.830   0.875   0.818   1.000   0.855   0.938   0.782   1.000   0.661   0.875   0.661   0.875   0.794   0.938 
 1039793   HLA-A*02:01   9   26   21   binary   0.639   0.971   0.644   0.971   0.670   0.990   0.679   0.995   0.657   0.981   0.618   0.952   0.631   0.962   0.657   0.981   0.228   0.667   0.644   0.971   0.319   0.733   0.670   0.990   0.670   0.990   0.670   0.990   0.670   0.990 
 1039793   HLA-A*02:03   9   20   15   binary   0.542   0.860   0.531   0.853   0.110   0.573   0.421   0.780   0.551   0.867   0.531   0.853   0.551   0.867   0.601   0.900   0.431   0.787   0.571   0.880   0.451   0.800   0.471   0.813   0.431   0.787   0.431   0.787   0.411   0.773 
 1039793   HLA-A*02:06   9   17   10   binary   0.122   0.571   -   -   0.146   0.586   0.195   0.614   0.268   0.657   0.268   0.657   0.317   0.686   0.317   0.686   0.073   0.543   0.342   0.700   0.098   0.557   0.146   0.586   0.171   0.600   0.220   0.629   0.342   0.700 
 1039793   HLA-A*11:01   9   29   22   binary   0.414   0.779   0.443   0.799   0.347   0.734   0.448   0.802   0.453   0.805   0.472   0.818   0.482   0.825   0.482   0.825   0.472   0.818   0.482   0.825   0.496   0.834   0.453   0.805   0.433   0.792   0.433   0.792   0.501   0.838 
 1039793   HLA-A*24:02   10   13   7   binary   0.660   0.881   0.660   0.881   0.495   0.786   0.743   0.929   0.701   0.905   0.619   0.857   0.784   0.952   0.742   0.929   0.742   0.929   0.742   0.929   0.784   0.952   0.640   0.869   0.660   0.881   0.577   0.833   0.536   0.810 
 1039793   HLA-A*33:03   9   21   16   binary   -   -   -   -   -   -   -   -   0.037   0.525   0.037   0.525   0.037   0.525   0.129   0.587   0.065   0.544   0.055   0.538   -0.037   0.475   0.102   0.569   -   -   -   -   -   - 
 1039752   HLA-A*03:01   9   24   16   ic50   0.236   0.641   0.196   0.586   0.351   0.672   0.187   0.488   0.251   0.648   0.217   0.625   0.272   0.594   0.262   0.625   0.471   0.727   0.278   0.648   -   -   -0.056   0.500   0.083   0.395   0.085   0.406   0.222   0.539 
 1039752   HLA-B*27:05   9   25   21   ic50   0.411   0.851   0.316   0.690   0.054   0.750   0.481   0.690   0.445   0.869   0.438   0.810   0.359   0.726   0.486   0.702   0.146   0.524   0.279   0.643   0.147   0.565   0.071   0.548   0.458   0.869   0.394   0.917   0.217   0.714 
 1040276   HLA-A*02:01   9   21   14   binary   0.551   0.837   0.500   0.806   0.367   0.724   0.393   0.755   0.551   0.837   0.534   0.827   0.500   0.806   0.500   0.806   0.350   0.714   0.551   0.837   0.350   0.714   0.450   0.776   0.392   0.750   0.467   0.786   0.150   0.592 
 1040276   HLA-A*02:01   10   11   7   binary   -0.060   0.464   0.179   0.607   0.060   0.536   0.120   0.571   -0.120   0.429   -0.120   0.429   0.418   0.750   0.179   0.607   0.060   0.536   0.179   0.607   0.120   0.571   -0.299   0.321   0.000   0.500   0.000   0.500   -0.179   0.393 
 1038337   HLA-A*26:01   9   13   2   binary   -0.057   0.455   0.057   0.545   -0.171   0.364   -0.171   0.364   -0.114   0.409   -0.114   0.409   -0.228   0.318   0.000   0.500   -0.114   0.409   -0.057   0.455   -0.285   0.273   -0.456   0.136   -0.342   0.227   -0.228   0.318   0.057   0.545 
 1038337   HLA-A*26:01   10   11   2   binary   0.075   0.556   0.149   0.611   -0.037   0.667   0.187   0.806   0.000   0.500   0.000   0.500   0.149   0.611   0.224   0.667   -0.149   0.389   0.224   0.667   -0.037   0.500   0.157   0.750   0.298   0.722   0.149   0.611   0.298   0.722 
 1016643   HLA-A*02:01   9   14   9   binary   0.759   0.956   0.832   1.000   0.721   0.933   0.834   1.000   0.795   0.978   0.795   0.978   0.832   1.000   0.832   1.000   0.721   0.933   0.832   1.000   0.721   0.933   0.795   0.978   0.832   1.000   0.832   1.000   0.795   0.978 
 1040736   HLA-C*08:02   9   17   14   binary   0.567   0.929   0.598   0.952   -   -   0.584   0.940   0.630   0.976   0.630   0.976   0.630   0.976   0.598   0.952   0.598   0.952   0.598   0.952   0.567   0.929   0.661   1.000   0.505   0.881   0.661   1.000   0.504   0.881 
 1041184   HLA-A*24:02   9   12   10   binary   0.324   0.750   0.389   0.800   0.324   0.750   0.423   0.850   0.194   0.650   0.194   0.650   0.259   0.700   0.324   0.750   -0.259   0.300   0.389   0.800   -0.259   0.300   0.324   0.750   0.389   0.800   0.453   0.850   0.518   0.900 
 1040281   HLA-A*01:01   9   16   2   binary   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.575   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   -   -   0.574   1.000   0.574   1.000   0.578   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000 
 1040281   HLA-A*02:01   9   16   10   binary   0.448   0.767   0.504   0.800   0.476   0.783   0.406   0.750   0.392   0.733   0.448   0.767   0.392   0.733   0.392   0.733   -   -   0.392   0.733   0.448   0.767   0.519   0.808   0.448   0.767   0.448   0.767   0.392   0.733 
 1040281   HLA-A*02:03   9   16   7   binary   0.342   0.698   0.424   0.746   0.424   0.746   0.396   0.730   0.424   0.746   0.533   0.810   0.506   0.794   0.506   0.794   0.533   0.810   0.506   0.794   0.506   0.794   0.506   0.794   0.342   0.698   0.342   0.698   0.451   0.762 
 1040281   HLA-A*03:01   9   16   4   binary   0.595   0.896   0.626   0.917   0.532   0.854   0.626   0.917   0.564   0.875   0.564   0.875   0.470   0.812   0.470   0.812   0.438   0.792   0.532   0.854   0.470   0.812   0.220   0.646   0.501   0.833   0.532   0.854   0.470   0.812 
 1040281   HLA-A*11:01   9   16   3   binary   0.261   0.692   0.261   0.692   0.330   0.744   0.226   0.718   0.191   0.641   0.191   0.641   0.295   0.718   0.122   0.590   -0.191   0.359   0.052   0.538   0.087   0.564   0.435   0.821   0.261   0.692   0.191   0.641   0.365   0.769 
 1040281   HLA-A*23:01   9   16   6   binary   0.756   0.950   0.812   0.983   0.756   0.950   0.812   0.983   0.812   0.983   0.840   1.000   0.840   1.000   0.812   0.983   0.588   0.850   0.812   0.983   0.420   0.750   0.785   0.967   0.812   0.983   0.784   0.967   0.784   0.967 
 1040281   HLA-A*24:02   9   16   3   binary   0.156   0.615   0.122   0.590   -0.017   0.487   0.156   0.615   0.122   0.590   0.156   0.615   0.191   0.641   0.191   0.641   0.191   0.641   0.226   0.667   0.052   0.538   0.017   0.513   0.087   0.564   0.122   0.590   0.156   0.615 
 1040281   HLA-A*31:01   9   16   2   binary   0.123   0.607   0.082   0.571   0.041   0.536   0.164   0.643   -   -   -0.123   0.393   0.000   0.500   0.000   0.500   -0.082   0.429   -0.041   0.464   -0.164   0.357   0.000   0.500   0.164   0.643   -   -   0.041   0.536 
 1040281   HLA-B*15:01   9   16   7   binary   0.260   0.651   0.396   0.730   0.041   0.524   0.343   0.698   0.328   0.690   0.451   0.762   0.478   0.778   0.424   0.746   0.506   0.794   0.424   0.746   0.506   0.794   0.438   0.762   0.287   0.667   0.287   0.667   0.287   0.667 
 1040281   HLA-B*40:01   9   16   2   binary   0.574   1.000   0.574   1.000   0.369   0.821   0.576   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.574   1.000   0.451   0.893   0.574   1.000   0.410   0.857   0.574   1.000   0.574   1.000   -   -   0.574   1.000 
 1040281   HLA-B*44:02   9   16   7   binary   -0.342   0.302   -0.342   0.302   -0.369   0.286   -0.342   0.302   -0.369   0.286   -0.451   0.238   -0.178   0.397   -0.287   0.333   -0.123   0.429   -0.396   0.270   0.150   0.587   -0.150   0.413   -0.424   0.254   -0.314   0.317   -0.287   0.333 
 1040281   HLA-B*44:03   9   16   2   binary   -0.287   0.250   -0.164   0.357   -0.208   0.375   -0.369   0.179   -0.308   0.250   -0.246   0.286   0.041   0.536   -   -   -0.410   0.143   -0.205   0.321   -0.328   0.214   0.082   0.571   -0.574   0.000   -0.246   0.286   -0.164   0.357 
 1041542   HLA-A*02:01   9   34   26   binary   0.329   0.724   0.325   0.721   0.325   0.721   0.330   0.724   0.325   0.721   0.325   0.721   0.339   0.731   0.318   0.716   0.481   0.827   0.339   0.731   0.509   0.846   0.290   0.697   0.318   0.716   0.318   0.716   0.318   0.716 
 1041542   HLA-A*11:01   9   12   10   binary   0.650   1.000   0.518   0.900   0.648   1.000   0.584   0.950   0.648   1.000   0.389   0.800   0.453   0.850   0.453   0.850   0.583   0.950   0.518   0.900   0.518   0.900   0.649   1.000   0.583   0.950   0.648   1.000   0.518   0.900 
 1032718   HLA-A*02:01   10   10   2   binary   0.522   0.875   0.435   0.812   0.696   1.000   0.524   0.875   0.435   0.812   0.348   0.750   0.522   0.875   0.522   0.875   0.087   0.562   0.435   0.812   0.087   0.562   0.522   0.875   0.522   0.875   0.522   0.875   0.522   0.875