IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 67 65 69
ANN 4.0 71 64 78
ARB 49 49 50
IEDB Consensus 71 75 68
NetMHCcons 63 56 69
NetMHCpan 2.8 54 51 57
NetMHCpan 3.0 55 48 62
NetMHCpan 4.0 BA 69 64 74
NetMHCpan 4.0 EL 56 51 60
NetMHCpan 4.1 BA 62 57 67
NetMHCpan 4.1 EL 56 51 61
PickPocket 53 54 51
SMM 56 59 53
SMMPMBEC 49 53 45
mhcflurry 1.2.0 65 64 65

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1043668   HLA-A*03:01   9   13   11   binary   0.399   0.818   0.399   0.818   0.342   0.773   0.399   0.818   0.399   0.818   0.399   0.818   0.399   0.818   0.513   0.909   0.399   0.818   0.456   0.864   0.513   0.909   0.570   0.955   0.399   0.818   0.399   0.818   0.570   0.955 
 1043924   HLA-A*03:01   9   13   6   binary   0.371   0.714   0.412   0.738   0.247   0.643   0.330   0.690   0.206   0.619   0.206   0.619   0.165   0.595   0.289   0.667   0.289   0.667   0.247   0.643   0.247   0.643   0.206   0.619   0.247   0.643   0.247   0.643   0.454   0.762 
 1031098   HLA-A*02:01   9   12   10   binary   0.649   1.000   0.583   0.950   0.453   0.850   0.592   0.950   0.649   1.000   0.583   0.950   0.584   0.950   0.583   0.950   0.518   0.900   0.583   0.950   0.648   1.000   0.454   0.850   0.453   0.850   0.453   0.850   0.518   0.900 
 1043978   HLA-A*11:01   9   20   6   binary   0.587   0.869   0.681   0.929   0.681   0.929   0.587   0.869   0.635   0.946   0.643   0.905   0.662   0.917   0.606   0.881   0.587   0.869   0.587   0.869   -0.627   0.107   0.568   0.857   0.549   0.845   0.530   0.833   0.624   0.893 
 1043978   HLA-A*11:01   10   12   6   binary   0.869   1.000   0.869   1.000   0.871   1.000   0.871   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.579   0.833   0.869   1.000   -0.871   0.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000   0.869   1.000 
 1043979   HLA-A*02:01   9   13   6   t1/2   0.388   0.643   0.435   0.714   0.591   0.738   0.749   0.810   0.388   0.667   0.485   0.690   0.513   0.738   0.614   0.786   0.586   0.881   0.524   0.738   0.469   0.810   0.700   0.810   0.764   0.833   0.630   0.762   0.416   0.667 
 1043979   HLA-A*02:01   10   12   3   t1/2   0.553   0.704   0.369   0.704   0.256   0.667   0.531   0.630   0.485   0.704   0.327   0.667   0.245   0.667   0.278   0.667   0.583   0.815   0.346   0.667   0.628   0.889   0.384   0.593   0.606   0.630   0.557   0.593   0.395   0.667