IEDB Analysis Resource

MHCI Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
ANN 3.4 59 60 58
ANN 4.0 65 67 64
ARB 21 21 21
IEDB Consensus 35 33 37
NetMHCcons 69 69 69
NetMHCpan 2.8 52 52 51
NetMHCpan 3.0 68 68 69
NetMHCpan 4.0 BA 85 83 86
NetMHCpan 4.0 EL 53 51 55
NetMHCpan 4.1 BA 92 92 92
NetMHCpan 4.1 EL 77 77 76
PickPocket 26 26 26
SMM 10 10 10
SMMPMBEC 14 14 14
mhcflurry 1.2.0 41 40 42

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Length		 Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 ANN 3.4 ANN 4.0 ARB IEDB Consensus NetMHCcons NetMHCpan 2.8 NetMHCpan 3.0 NetMHCpan 4.0 BA NetMHCpan 4.0 EL NetMHCpan 4.1 BA NetMHCpan 4.1 EL PickPocket SMM SMMPMBEC mhcflurry 1.2.0
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1044508   HLA-A*01:01   9   12   5   binary   0.857   1.000   0.857   1.000   0.220   0.629   0.613   0.857   0.759   0.943   0.612   0.857   0.661   0.886   0.710   0.914   0.662   0.886   0.759   0.943   0.710   0.914   0.857   1.000   0.465   0.771   0.465   0.771   0.612   0.857 
 1044508   HLA-A*03:01   9   34   20   binary   0.384   0.725   0.372   0.718   0.347   0.704   0.375   0.725   0.408   0.739   0.378   0.721   0.347   0.704   0.451   0.764   0.451   0.764   0.493   0.789   0.451   0.764   0.067   0.543   0.335   0.696   0.305   0.679   0.341   0.700 
 1044508   HLA-A*03:01   10   25   7   binary   0.272   0.675   0.247   0.659   0.259   0.667   0.142   0.599   0.284   0.683   0.241   0.659   0.284   0.683   0.358   0.730   0.229   0.663   0.321   0.706   0.321   0.706   0.173   0.611   0.037   0.524   0.086   0.556   0.000   0.500 
 1044508   HLA-A*11:01   9   48   25   binary   0.393   0.727   0.387   0.723   0.378   0.718   0.384   0.726   0.396   0.732   0.396   0.729   0.423   0.744   0.408   0.736   0.408   0.736   0.441   0.755   0.426   0.746   0.286   0.669   0.348   0.701   0.378   0.718   0.429   0.748 
 1044508   HLA-A*11:01   10   42   15   binary   -0.008   0.496   -0.010   0.494   0.051   0.531   0.105   0.567   -0.039   0.477   -0.039   0.477   -0.023   0.486   -0.043   0.474   0.119   0.572   0.002   0.501   0.049   0.530   -0.125   0.425   0.150   0.590   0.076   0.546   0.023   0.514 
 1044508   HLA-B*07:02   9   45   33   binary   0.342   0.723   0.433   0.783   0.058   0.538   0.328   0.715   0.410   0.768   0.441   0.788   0.476   0.811   0.480   0.813   0.321   0.710   0.464   0.803   0.406   0.765   0.176   0.615   0.284   0.686   0.313   0.705   0.344   0.725 
 1044508   HLA-B*07:02   10   34   18   binary   0.366   0.712   0.523   0.802   0.258   0.649   0.348   0.701   0.390   0.734   0.384   0.722   0.466   0.769   0.487   0.781   0.357   0.707   0.511   0.795   0.408   0.736   0.318   0.684   0.144   0.583   0.180   0.604   0.372   0.715