IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 8 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 3 3 3
Consensus IEDB method 62 62 63
NN-align 67 67 67
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 72 76 68
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 37 35 38
Tepitope (Sturniolo) 35 25 46

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1031406   H2-IAb   24   16   ic50   -   -   0.752   0.992   0.780   0.992   -   -   0.902   0.984   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.692   0.969   -   - 
 1031683   HLA-DRB1*01:01   17   12   binary   0.105   0.567   0.606   0.883   0.738   0.967   -   -   0.764   0.983   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.580   0.867   0.567   0.858 
 1031683   HLA-DRB1*04:01   16   6   binary   -   -   0.056   0.533   0.196   0.617   -   -   0.196   0.617   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.028   0.517   0.421   0.750 
 1031683   HLA-DRB1*07:01   17   9   binary   0.253   0.646   0.770   0.944   0.818   0.972   -   -   0.818   0.972   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.746   0.931   0.867   1.000 
 1031683   HLA-DRB1*09:01   17   13   binary   0.144   0.596   0.396   0.769   0.651   0.942   -   -   0.736   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.368   0.750   -   - 
 1031683   HLA-DRB1*11:01   16   11   binary   -   -   0.572   0.855   0.483   0.800   -   -   0.307   0.691   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.570   0.855   0.470   0.818 
 1031683   HLA-DRB1*15:01   17   13   binary   -   -   0.425   0.788   0.340   0.731   -   -   0.481   0.827   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.283   0.692   0.241   0.663 
 1031910   HLA-DRB1*15:01   28   23   binary   -   -   -0.462   0.152   -0.462   0.152   -   -   -0.462   0.152   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -0.439   0.170   -0.551   0.135 
 1032311   HLA-DRB1*01:01   16   14   ic50   0.038   0.589   0.297   0.964   0.276   0.964   -   -   0.432   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.405   1.000   0.268   1.000 
 1032520   H2-IAb   13   6   ic50   -   -   0.742   0.810   0.720   0.810   -   -   0.670   0.857   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.621   0.738   -   - 
 1029531   HLA-DRB1*01:01   11   4   ic50   0.205   0.571   0.764   0.929   0.564   0.857   -   -   0.727   1.000   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.492   0.696   -0.009   0.571 
 1034502   HLA-DRB1*03:01   21   3   ic50   -   -   0.313   0.796   0.419   0.759   -   -   0.595   0.907   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.552   0.870   0.142   0.611 
 1034502   HLA-DRB1*08:02   21   5   ic50   -   -   0.691   0.950   0.587   1.000   -   -   0.717   0.900   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.621   0.912   0.321   0.688 
 1034502   HLA-DRB1*11:01   21   5   ic50   -   -   0.508   0.863   0.619   0.825   -   -   0.708   0.912   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.532   0.863   0.301   0.800 
 1034502   HLA-DRB1*15:01   21   4   ic50   -   -   0.823   0.882   0.680   0.882   -   -   0.764   0.853   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.697   0.794   0.596   0.882 
 1034502   HLA-DRB1*15:02   21   2   ic50   -   -   0.581   0.526   -   -   -   -   0.728   0.711   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.580   0.605 
 1034868   HLA-DRB1*01:01   49   5   ic50   0.177   0.591   0.443   0.718   0.528   0.800   -   -   0.533   0.818   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.315   0.632   0.331   0.673 
 1034868   HLA-DRB1*04:01   49   3   ic50   -   -   0.548   0.775   0.574   0.891   -   -   0.566   0.884   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.478   0.739   0.583   0.808 
 1034868   HLA-DRB1*07:01   49   2   ic50   0.224   0.500   0.657   0.734   0.682   0.660   -   -   0.588   0.596   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.564   0.745   0.537   0.856 
 1034868   HLA-DRB1*11:01   49   4   ic50   -   -   0.495   0.989   0.548   0.950   -   -   0.434   0.856   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.438   0.961   0.224   0.750 
 1034868   HLA-DRB1*15:01   49   10   ic50   -   -   0.648   0.917   0.664   0.918   -   -   0.560   0.862   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.554   0.867   0.524   0.883