IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 0 0 0
Consensus IEDB method 58 58 59
NN-align 88 91 84
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 55 61 49
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 38 33 44
Tepitope (Sturniolo) 33 27 40

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1034868   HLA-DRB1*01:01   49   5   ic50   0.177   0.591   0.443   0.718   0.528   0.800   -   -   0.533   0.818   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.315   0.632   0.331   0.673 
 1034868   HLA-DRB1*04:01   49   3   ic50   -   -   0.548   0.775   0.574   0.891   -   -   0.566   0.884   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.478   0.739   0.583   0.808 
 1034868   HLA-DRB1*07:01   49   2   ic50   0.224   0.500   0.657   0.734   0.682   0.660   -   -   0.588   0.596   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.564   0.745   0.537   0.856 
 1034868   HLA-DRB1*11:01   49   4   ic50   -   -   0.495   0.989   0.548   0.950   -   -   0.434   0.856   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.438   0.961   0.224   0.750 
 1034868   HLA-DRB1*15:01   49   10   ic50   -   -   0.648   0.917   0.664   0.918   -   -   0.560   0.862   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.554   0.867   0.524   0.883 
 1034384   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   662   75   binary   0.215   0.699   0.379   0.849   0.392   0.857   -   -   0.370   0.837   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.378   0.844   -   - 
 1035881   HLA-DRB1*01:01   10   8   ic50   -   0.500   0.157   0.250   0.153   0.438   -   -   0.006   0.250   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.092   0.250   0.246   0.562 
 1035907   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   30   9   binary   0.391   0.762   0.593   0.873   0.719   0.952   -   -   0.651   0.910   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.550   0.847   -   - 
 1036372   HLA-DRB1*03:01   42   2   binary   -   -   0.180   0.838   0.263   0.912   -   -   0.291   0.894   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.254   0.894   0.065   0.769