IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NN-align 72 64 79
NetMHCIIpan-3.1 56 55 58
Comblib matrices 19 23 15
SMM-align 51 56 46
Tepitope (Sturniolo) 40 34 46
Consensus IEDB method 59 53 65

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NN-align NetMHCIIpan-3.1 Comblib matrices SMM-align Tepitope (Sturniolo) Consensus IEDB method
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1035907   0   30   9   binary   0.719   0.952   0.651   0.910   0.391   0.762   0.550   0.847   -   -   0.593   0.873 
 1036372   0   42   2   binary   0.263   0.912   0.291   0.894   -   -   0.254   0.894   0.065   0.769   0.180   0.838 
 1036417   0   14   5   ic50   0.832   1.000   0.872   1.000   0.506   0.800   0.779   1.000   0.518   0.811   0.820   1.000 
 1036417   0   14   4   ic50   0.466   0.650   0.717   0.825   -   -   0.709   0.750   0.689   0.738   0.650   0.725 
 1036417   0   14   4   ic50   0.860   1.000   0.838   0.950   -   -   0.771   0.900   0.770   0.812   0.829   0.950 
 1036417   0   14   2   ic50   0.660   0.708   0.647   0.667   -   -   0.650   0.625   0.555   0.542   0.625   0.667 
 1036417   0   14   4   ic50   0.759   0.950   0.698   0.850   0.671   0.725   0.810   0.950   0.676   0.775   0.808   0.875 
 1036417   0   14   2   ic50   0.173   0.792   0.164   0.750   -   -   0.176   0.583   -0.181   0.667   -0.084   0.667 
 1036417   0   14   4   ic50   0.581   0.875   0.492   0.750   0.108   0.700   0.638   0.750   -   -   0.663   0.800 
 1036417   0   14   4   ic50   -   -   0.582   0.825   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1036417   0   14   3   ic50   0.602   1.000   0.371   0.939   -   -   0.634   0.970   0.551   0.788   0.582   1.000 
 1036417   0   14   5   ic50   0.757   1.000   0.554   0.778   -   -   0.435   0.622   0.553   0.778   0.579   0.778 
 1036417   0   14   2   ic50   -   -   0.530   0.708   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1036417   0   14   4   ic50   0.638   0.850   0.638   0.850   -0.084   0.625   0.400   0.650   -   -   0.466   0.800 
 1036417   0   14   4   ic50   0.590   0.700   0.546   0.675   -   -   0.695   0.800   0.341   0.600   0.645   0.850 
 1036489   0   10   2   ic50   0.601   1.000   0.683   0.938   0.836   0.938   0.696   1.000   0.840   1.000   0.733   0.938 
 1036489   0   10   2   ic50   -   -   0.701   1.000   -   -   -   -   0.685   1.000   0.688   1.000 
 1036884   0   65   2   binary   -0.014   0.476   -0.005   0.492   -0.123   0.294   -0.024   0.460   0.005   0.647   -0.090   0.349 
 1036884   0   65   9   binary   -0.078   0.435   -0.038   0.468   -   -   -0.040   0.466   -0.076   0.467   -0.066   0.474 
 1036884   0   65   3   binary   -   -   -0.039   0.446   -   -   -   -   0.006   0.548   -0.004   0.540 
 1036884   0   65   6   binary   0.071   0.571   -0.051   0.449   -   -   -0.008   0.492   0.098   0.624   0.067   0.606 
 1036884   0   65   3   binary   0.113   0.656   -0.055   0.425   0.143   0.726   0.039   0.554   0.016   0.618   0.113   0.763