IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
NN-align 54 53 55
NetMHCIIpan-3.1 44 45 44
Comblib matrices 23 25 20
SMM-align 52 54 50
Tepitope (Sturniolo) 44 42 46
Consensus IEDB method 66 65 67

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference
Allele Peptide
Count
Positive
Count
Measurement
type
NN-align NetMHCIIpan-3.1 Comblib matrices SMM-align Tepitope (Sturniolo) Consensus IEDB method
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1036884   0   65   2   binary   -0.014   0.476   -0.005   0.492   -0.123   0.294   -0.024   0.460   0.005   0.647   -0.090   0.349 
 1036884   0   65   9   binary   -0.078   0.435   -0.038   0.468   -   -   -0.040   0.466   -0.076   0.467   -0.066   0.474 
 1036884   0   65   3   binary   -   -   -0.039   0.446   -   -   -   -   0.006   0.548   -0.004   0.540 
 1036884   0   65   6   binary   0.071   0.571   -0.051   0.449   -   -   -0.008   0.492   0.098   0.624   0.067   0.606 
 1036884   0   65   3   binary   0.113   0.656   -0.055   0.425   0.143   0.726   0.039   0.554   0.016   0.618   0.113   0.763 
 1036908   0   45   16   ic50   0.325   0.703   0.388   0.787   -   -   0.369   0.709   0.142   0.574   0.328   0.696 
 1037397   0   58   33   ic50   -0.252   0.372   -0.213   0.379   -   -   -0.332   0.333   0.353   0.663   -0.210   0.393 
 1037397   0   24   21   ic50   -   -   -0.269   0.190   -   -   -   -   -0.443   0.190   -0.449   0.167 
 1036599   0   198   121   ic50   0.795   0.899   0.757   0.862   0.491   0.743   0.772   0.874   -   -   0.789   0.893 
 1036599   0   34   20   ic50   0.805   0.932   0.834   0.968   0.685   0.868   0.832   0.925   0.706   0.914   0.846   0.936 
 1036599   0   51   19   ic50   0.692   0.903   0.685   0.901   -   -   0.721   0.905   0.654   0.890   0.722   0.924 
 1036599   0   35   23   ic50   0.842   0.989   0.776   0.957   -   -   0.920   0.971   0.720   0.926   0.854   0.989 
 1037619   0   29   25   ic50   -0.237   0.290   -0.063   0.530   -   -   -0.237   0.400   0.607   0.930   -0.140   0.370 
 1037619   0   23   19   ic50   0.761   0.882   0.457   0.763   -   -   0.492   0.895   0.451   0.691   0.591   0.855 
 1037619   0   31   26   ic50   -   -   0.501   0.700   -   -   -   -   -   -   -   -