IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 5 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 17 13 21
Consensus IEDB method 62 62 62
NN-align 56 57 56
NN-align 2.3 66 65 67
NetMHCIIpan-3.1 54 54 53
NetMHCIIpan-3.2 75 76 74
NetMHCIIpan-4.0 BA 58 53 64
NetMHCIIpan-4.0 EL 37 31 43
NetMHCIIpan-4.1 BA 63 59 66
NetMHCIIpan-4.1 EL 39 36 41
NetMHCIIpan-4.2 BA 69 63 76
NetMHCIIpan-4.2 EL 43 41 44
NetMHCIIpan-4.3 BA 78 70 87
NetMHCIIpan-4.3 EL 32 31 34
SMM-align 53 51 55
Tepitope (Sturniolo) 30 26 34

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037883   HLA-DRB1*01:01   62   34   binary   0.302   0.678   0.396   0.733   0.503   0.792   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.251   0.646   0.364   0.713 
 1037883   HLA-DRB1*04:01   62   32   binary   -   -   0.501   0.789   0.422   0.744   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.514   0.797   0.426   0.748 
 1037883   HLA-DRB1*07:01   62   27   binary   0.414   0.741   0.678   0.895   0.606   0.853   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.637   0.871   0.536   0.815 
 1037883   HLA-DRB1*15:01   62   22   binary   -   -   0.590   0.868   0.590   0.856   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.501   0.802   0.408   0.753 
 1038478   HLA-DRB1*15:01   19   16   binary   -   -   0.132   0.604   0.369   0.792   -   -   0.553   0.938   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.237   0.688   -0.106   0.417 
 1038237   HLA-DRB1*01:01   18   3   ic50   -0.011   0.633   0.382   0.811   0.350   0.756   -   -   0.401   0.800   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.463   0.867   0.588   0.867 
 1038237   HLA-DRB1*04:01   18   8   ic50   -   -   0.366   0.762   0.245   0.713   -   -   0.197   0.625   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.358   0.725   0.293   0.738 
 1038237   HLA-DRB1*04:05   18   6   ic50   -   -   0.595   0.819   0.587   0.778   -   -   0.509   0.764   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.643   0.861   0.311   0.736 
 1038237   HLA-DRB1*07:01   18   6   ic50   0.750   0.861   0.649   0.854   0.534   0.889   -   -   0.655   0.889   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.680   0.903   0.541   0.875 
 1038237   HLA-DRB1*08:02   18   2   ic50   -   -   0.300   0.922   0.238   0.875   -   -   0.366   0.969   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.278   0.938   0.211   0.906 
 1038237   HLA-DRB1*09:01   18   4   ic50   -0.367   0.384   0.540   0.946   0.581   1.000   -   -   0.534   0.964   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.461   0.964   -   - 
 1038237   HLA-DRB1*15:01   18   8   ic50   -   -   0.700   0.887   0.461   0.812   -   -   0.470   0.825   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.738   0.900   0.551   0.800 
 1038237   HLA-DRB3*01:01   18   3   ic50   -0.024   0.578   0.789   0.989   0.755   0.956   -   -   0.834   0.889   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.888   1.000   -   - 
 1038237   HLA-DRB4*01:01   18   4   ic50   0.246   0.804   0.465   0.929   0.574   0.964   -   -   0.555   0.857   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.539   0.875   -   - 
 1038973   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   30   25   binary   0.347   0.768   0.444   0.844   0.532   0.912   -   -   0.481   0.872   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.439   0.840   -   - 
 1038973   HLA-DRB1*04:01   180   90   binary   -   -   0.304   0.677   0.347   0.701   -   -   0.275   0.659   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.235   0.636   0.238   0.639 
 1039545   HLA-DPA1*01:03/DPB1*04:01   14   2   ic50   -   -   -   -   -   -   0.638   0.708   0.238   0.542   0.460   0.625   0.449   0.625   0.244   0.875   0.511   0.667   0.629   0.958   0.520   0.667   0.503   0.979   0.567   0.708   0.189   0.708   -   -   -   - 
 1039545   HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02   14   2   ic50   0.336   0.875   0.801   0.917   0.647   0.625   0.775   0.875   0.779   0.792   0.793   0.833   0.762   0.917   0.567   0.958   0.669   0.917   0.625   0.917   0.687   0.958   0.667   0.958   0.748   1.000   0.621   0.958   0.766   0.917   -   - 
 1039545   HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02   14   2   ic50   0.101   0.688   0.852   1.000   0.811   0.958   0.879   1.000   0.753   0.958   0.784   1.000   0.753   1.000   0.286   1.000   0.708   1.000   0.473   1.000   0.744   1.000   0.443   1.000   0.627   1.000   0.569   0.917   0.826   1.000   -   - 
 1039545   HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01   14   2   ic50   0.655   0.938   0.757   1.000   0.897   0.917   0.816   1.000   0.753   0.875   0.838   0.958   0.843   0.917   0.470   0.875   0.838   0.917   0.452   0.875   0.928   0.958   0.510   0.875   0.888   0.958   0.524   0.875   0.780   0.917   -   - 
 1039545   HLA-DRB1*01:01   14   12   ic50   0.331   0.958   0.645   0.958   0.662   0.958   0.612   0.917   0.730   0.958   0.785   0.958   0.785   0.958   0.801   0.833   0.856   0.958   0.817   0.833   0.741   0.958   0.836   0.875   0.693   1.000   0.781   0.708   0.202   0.667   0.496   1.000 
 1039545   HLA-DRB1*04:01   14   4   ic50   -   -   0.392   0.825   0.393   0.825   0.516   0.850   0.719   0.900   0.723   0.925   0.635   0.925   0.692   0.875   0.648   0.925   0.684   0.875   0.657   0.975   0.749   0.950   0.710   0.975   0.702   0.950   0.231   0.750   0.344   0.713 
 1039545   HLA-DRB1*04:05   14   3   ic50   -   -   0.812   0.909   0.811   0.848   0.714   1.000   0.793   1.000   0.829   0.909   0.793   0.939   0.481   0.788   0.807   0.970   0.449   0.818   0.644   0.909   0.477   0.788   0.714   0.970   0.516   0.818   0.741   0.788   0.782   0.909 
 1039545   HLA-DRB1*07:01   14   8   ic50   0.697   1.000   0.791   1.000   0.780   0.979   0.802   1.000   0.846   1.000   0.874   0.958   0.643   0.812   0.811   0.896   0.665   0.854   0.764   0.854   0.795   0.938   0.716   0.812   0.857   1.000   0.736   0.812   0.692   0.917   0.667   0.885 
 1039545   HLA-DRB1*08:02   14   8   ic50   -   -   0.358   0.583   0.508   0.729   0.301   0.667   0.868   0.958   0.613   0.896   0.543   0.812   0.327   0.688   0.688   0.875   0.323   0.688   0.499   0.750   0.314   0.667   0.552   0.771   0.314   0.646   0.367   0.688   0.417   0.542 
 1039545   HLA-DRB1*09:01   14   7   ic50   0.112   0.357   0.682   0.786   0.459   0.612   0.745   0.735   0.679   0.735   0.833   0.878   0.829   0.857   0.842   0.959   0.807   0.857   0.908   0.959   0.873   0.878   0.873   0.959   0.877   0.878   0.886   0.980   0.257   0.592   -   - 
 1039545   HLA-DRB1*11:01   14   11   ic50   -   -   0.577   0.864   0.757   1.000   0.739   0.939   0.717   0.970   0.774   0.970   0.719   0.939   0.295   0.697   0.759   0.909   0.235   0.636   0.759   0.939   0.213   0.636   0.750   0.970   0.185   0.636   0.691   1.000   0.344   0.758 
 1039545   HLA-DRB1*12:01   14   3   ic50   -   -   0.785   0.970   -   -   0.854   1.000   0.594   0.788   0.700   0.939   0.664   0.970   0.245   0.848   0.629   0.970   0.236   0.788   0.722   0.970   0.320   0.879   0.753   0.970   0.329   0.848   0.664   0.909   -   - 
 1039545   HLA-DRB1*13:02   14   3   ic50   -   -   0.714   0.879   0.757   0.939   0.791   1.000   0.778   0.939   0.746   1.000   0.746   0.970   0.323   0.667   0.622   0.970   0.064   0.515   0.622   0.970   0.037   0.485   0.748   1.000   -0.037   0.455   0.693   0.879   0.032   0.500 
 1039545   HLA-DRB1*15:01   14   6   ic50   -   -   0.653   0.938   0.609   0.833   0.710   0.771   0.433   0.833   0.684   0.875   0.569   0.750   0.319   0.542   0.613   0.771   0.358   0.542   0.582   0.771   0.393   0.583   0.644   0.771   0.464   0.625   0.701   0.938   0.391   0.896 
 1039545   HLA-DRB3*01:01   14   5   ic50   0.183   0.556   0.711   0.889   0.662   0.911   0.719   0.844   0.591   0.889   0.657   0.933   0.543   0.889   0.222   0.711   0.543   0.889   0.138   0.689   0.552   0.911   0.218   0.733   0.688   0.911   -0.282   0.556   0.587   0.933   -   - 
 1039545   HLA-DRB3*02:02   14   3   ic50   -   -   -   -   -   -   0.554   0.879   0.207   0.758   0.658   1.000   0.521   1.000   0.629   0.848   0.451   0.970   0.695   0.909   0.543   0.970   0.636   0.848   0.726   0.970   0.537   0.788   -   -   -   - 
 1039545   HLA-DRB4*01:01   14   2   ic50   0.441   0.500   0.659   0.750   0.693   0.917   0.669   1.000   0.493   0.875   0.612   0.875   0.603   0.792   0.530   0.875   0.700   0.875   0.651   0.917   0.689   0.958   0.706   0.917   0.583   1.000   0.612   0.917   0.669   0.750   -   - 
 1039545   HLA-DRB5*01:01   14   9   ic50   -   -   0.713   0.933   0.767   0.956   0.741   0.978   0.732   0.978   0.771   0.978   0.798   0.978   0.727   0.889   0.820   0.978   0.714   0.822   0.807   0.978   0.736   0.844   0.758   0.978   0.741   0.822   0.666   0.889   0.710   0.878