IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IED for the last at least 3 references. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Server
Overall
SRCC
AUC
Comblib matrices 32 31 33
Consensus IEDB method 55 54 56
NN-align 59 59 59
NN-align 2.3 38 38 38
NetMHCIIpan-3.1 68 69 67
NetMHCIIpan-3.2 56 56 56
NetMHCIIpan-4.0 BA 64 64 64
NetMHCIIpan-4.0 EL 30 30 30
NetMHCIIpan-4.1 BA 65 65 64
NetMHCIIpan-4.1 EL 31 31 30
NetMHCIIpan-4.2 BA 73 73 73
NetMHCIIpan-4.2 EL 40 40 40
NetMHCIIpan-4.3 BA 77 77 76
NetMHCIIpan-4.3 EL 28 28 29
SMM-align 47 47 47
Tepitope (Sturniolo) 45 45 45

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1043121   HLA-DRB1*01:01   89   28   binary   0.627   0.890   0.621   0.888   0.642   0.899   0.637   0.896   0.666   0.914   0.665   0.913   0.653   0.906   0.302   0.695   0.656   0.908   0.319   0.708   0.663   0.912   0.302   0.694   0.648   0.903   0.291   0.684   0.572   0.858   0.448   0.792 
 1043121   HLA-DRB1*03:01   89   6   binary   -   -   0.369   0.939   0.389   0.948   0.363   0.918   0.419   0.982   0.412   0.974   0.385   0.944   0.229   0.765   0.392   0.952   0.244   0.781   0.391   0.950   0.238   0.774   0.410   0.972   0.255   0.791   0.346   0.898   0.281   0.840 
 1043121   HLA-DRB1*04:01   89   27   binary   -   -   0.598   0.879   0.553   0.847   0.544   0.842   0.545   0.842   0.531   0.833   0.511   0.821   0.280   0.688   0.499   0.813   0.260   0.668   0.534   0.835   0.299   0.693   0.550   0.845   0.278   0.678   0.518   0.826   0.619   0.892 
 1043121   HLA-DRB1*07:01   89   26   binary   0.550   0.849   0.678   0.935   0.617   0.892   0.692   0.939   0.706   0.948   0.700   0.944   0.712   0.952   0.438   0.785   0.713   0.952   0.388   0.748   0.725   0.960   0.426   0.773   0.728   0.962   0.398   0.755   0.622   0.895   0.642   0.918 
 1043570   HLA-DRB1*15:01   146   13   binary   -   -   0.357   0.867   0.377   0.882   0.370   0.875   0.366   0.871   0.378   0.883   0.375   0.880   0.249   0.763   0.374   0.879   0.263   0.770   0.379   0.884   0.267   0.780   0.375   0.880   0.244   0.758   0.314   0.818   0.322   0.848 
 1043728   HLA-DRB1*01:01   16   8   binary   -0.027   0.484   0.204   0.617   0.136   0.578   -0.108   0.438   0.081   0.547   -0.081   0.453   0.081   0.547   0.217   0.625   -0.027   0.484   0.217   0.625   0.108   0.562   0.244   0.641   -0.054   0.469   0.244   0.641   0.353   0.703   0.190   0.609 
 1043728   HLA-DRB1*03:01   13   4   binary   -   -   0.335   0.708   0.178   0.611   0.134   0.583   0.312   0.694   0.312   0.694   0.445   0.778   0.223   0.639   0.356   0.722   0.223   0.639   0.267   0.667   0.178   0.611   0.356   0.722   0.089   0.556   0.401   0.750   -0.134   0.417 
 1043728   HLA-DRB1*04:01   17   10   binary   -   -   0.415   0.771   0.537   0.814   0.317   0.686   0.464   0.771   0.390   0.729   0.464   0.771   0.610   0.857   0.488   0.786   0.610   0.857   0.512   0.800   0.598   0.879   0.634   0.871   0.537   0.814   0.488   0.786   0.342   0.700 
 1043728   HLA-DRB1*15:01   13   10   binary   -   -   0.244   0.667   0.244   0.667   0.244   0.667   0.293   0.700   0.195   0.633   0.293   0.700   0.000   0.500   0.293   0.700   0.146   0.600   0.390   0.767   0.293   0.700   0.293   0.700   0.244   0.667   -0.049   0.467   0.489   0.833