IEDB Analysis Resource

MHCII Weekly Benchmark results


Overall scores

Overall scores based on data sets submitted to the IEDB within a single week. The overall scores in the SRCC and AUC columns are calculated using performance values for only SRCC or AUC respectively. In the overall column, both evaluation types are used.

Datasets displayed in gray showed poor performance across all of the available predictors and are excluded from the overall ranking, pending further analysis.


Server Overall SRCC AUC
Comblib matrices 10 8 12
Consensus IEDB method 68 70 67
NN-align 84 86 82
NN-align 2.3 - - -
NetMHCIIpan-3.1 61 61 60
NetMHCIIpan-3.2 - - -
NetMHCIIpan-4.0 BA - - -
NetMHCIIpan-4.0 EL - - -
NetMHCIIpan-4.1 BA - - -
NetMHCIIpan-4.1 EL - - -
NetMHCIIpan-4.2 BA - - -
NetMHCIIpan-4.2 EL - - -
NetMHCIIpan-4.3 BA - - -
NetMHCIIpan-4.3 EL - - -
SMM-align 33 35 32
Tepitope (Sturniolo) 10 3 17

Data set specific results

Detailed information for the evaluated data sets used in the calculation of the overall scores in the table above. Predictions from each participating server for the data sets listed below may be downloaded here.

IEDB
Reference		 Allele Peptide
Count		 Positive
Count		 Measurement
type		 Comblib matrices Consensus IEDB method NN-align NN-align 2.3 NetMHCIIpan-3.1 NetMHCIIpan-3.2 NetMHCIIpan-4.0 BA NetMHCIIpan-4.0 EL NetMHCIIpan-4.1 BA NetMHCIIpan-4.1 EL NetMHCIIpan-4.2 BA NetMHCIIpan-4.2 EL NetMHCIIpan-4.3 BA NetMHCIIpan-4.3 EL SMM-align Tepitope (Sturniolo)
SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC SRCC AUC
 1037798   HLA-DRB1*01:01   49   28   ic50   0.628   0.841   0.720   0.854   0.740   0.855   -   -   0.798   0.896   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.672   0.827   0.455   0.738 
 1037798   HLA-DRB1*04:01   49   7   ic50   -   -   0.602   0.903   0.620   0.837   -   -   0.745   0.918   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.491   0.793   0.321   0.811 
 1037798   HLA-DRB1*04:05   49   10   ic50   -   -   0.753   0.899   0.732   0.877   -   -   0.720   0.821   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.684   0.774   0.564   0.906 
 1037798   HLA-DRB1*07:01   49   24   ic50   0.608   0.876   0.866   0.975   0.870   0.977   -   -   0.718   0.923   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.738   0.905   0.347   0.733 
 1037798   HLA-DRB1*08:02   49   15   ic50   -   -   0.583   0.799   0.679   0.849   -   -   0.807   0.947   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.312   0.665   0.482   0.771 
 1037798   HLA-DRB1*09:01   49   23   ic50   0.109   0.558   0.552   0.759   0.571   0.769   -   -   0.499   0.717   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.387   0.672   -   - 
 1037798   HLA-DRB1*11:01   49   15   ic50   -   -   0.734   0.976   0.780   0.984   -   -   0.709   0.931   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.716   0.967   0.517   0.873 
 1037798   HLA-DRB1*12:01   49   7   ic50   -   -   0.522   0.942   -   -   -   -   0.411   0.915   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.338   0.850   -   - 
 1037798   HLA-DRB1*13:02   49   5   ic50   -   -   0.606   0.936   0.516   0.955   -   -   0.480   0.923   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.548   0.836   0.292   0.636 
 1037798   HLA-DRB1*15:01   49   31   ic50   -   -   0.736   0.948   0.791   0.950   -   -   0.674   0.921   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.753   0.955   0.559   0.838 
 1037798   HLA-DRB3*01:01   49   16   ic50   0.186   0.605   0.550   0.843   0.662   0.888   -   -   0.660   0.869   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.508   0.812   -   - 
 1037798   HLA-DRB3*02:02   49   5   ic50   -   -   -   -   -   -   -   -   0.496   0.736   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   - 
 1037798   HLA-DRB4*01:01   49   11   ic50   0.093   0.555   0.450   0.798   0.543   0.821   -   -   0.443   0.737   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.439   0.852   -   - 
 1037798   HLA-DRB5*01:01   49   23   ic50   -   -   0.755   0.866   0.783   0.875   -   -   0.838   0.893   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   -   0.721   0.843   0.412   0.754