MHC-II binding predictions

This version of the MHC II binding tool has been retired. Please click here to access the current version.

Specify Sequence(s)
Enter protein sequence(s) (Browse for sequences in NCBI)
Or select file containing sequence(s)
Choose sequence format	auto detect format Space separated sequences One sequence (ignores spaces) FASTA format
Choose a Prediction Method
Prediction Method	IEDB recommended consensus NetMHCIIpan nn_align smm_align combinatorial library Sturniolo arb Help on prediction method selections
Specify what to make binding predictions for
MHC allele(s)	Select allele HLA-DPA1*01/DPB1*04:01 HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01 HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01 HLA-DPA1*02:01/DPB1*05:01 HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02 HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01 HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02 HLA-DQA1*03:01/DQB1*03:02 HLA-DQA1*04:01/DQB1*04:02 HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01 HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01 HLA-DRB1*01:01 HLA-DRB1*01:02 HLA-DRB1*01:03 HLA-DRB1*01:04 HLA-DRB1*01:05 HLA-DRB1*01:06 HLA-DRB1*01:07 HLA-DRB1*01:08 HLA-DRB1*01:09 HLA-DRB1*01:10 HLA-DRB1*01:11 HLA-DRB1*01:12 HLA-DRB1*01:13 HLA-DRB1*01:14 HLA-DRB1*01:15 HLA-DRB1*01:16 HLA-DRB1*01:17 HLA-DRB1*01:18 HLA-DRB1*01:19 HLA-DRB1*01:20 HLA-DRB1*01:21 HLA-DRB1*01:22 HLA-DRB1*01:23 HLA-DRB1*01:24 HLA-DRB1*01:25 HLA-DRB1*01:26 HLA-DRB1*01:27 HLA-DRB1*01:28 HLA-DRB1*01:29 HLA-DRB1*01:30 HLA-DRB1*01:31 HLA-DRB1*01:32 HLA-DRB1*03:01 HLA-DRB1*03:02 HLA-DRB1*03:03 HLA-DRB1*03:04 HLA-DRB1*03:05 HLA-DRB1*03:06 HLA-DRB1*03:07 HLA-DRB1*03:08 HLA-DRB1*03:09 HLA-DRB1*03:10 HLA-DRB1*03:11 HLA-DRB1*03:13 HLA-DRB1*03:14 HLA-DRB1*03:15 HLA-DRB1*03:17 HLA-DRB1*03:18 HLA-DRB1*03:19 HLA-DRB1*03:20 HLA-DRB1*03:21 HLA-DRB1*03:22 HLA-DRB1*03:23 HLA-DRB1*03:24 HLA-DRB1*03:25 HLA-DRB1*03:26 HLA-DRB1*03:27 HLA-DRB1*03:28 HLA-DRB1*03:29 HLA-DRB1*03:30 HLA-DRB1*03:31 HLA-DRB1*03:32 HLA-DRB1*03:33 HLA-DRB1*03:34 HLA-DRB1*03:35 HLA-DRB1*03:36 HLA-DRB1*03:37 HLA-DRB1*03:38 HLA-DRB1*03:39 HLA-DRB1*03:40 HLA-DRB1*03:41 HLA-DRB1*03:42 HLA-DRB1*03:43 HLA-DRB1*03:44 HLA-DRB1*03:45 HLA-DRB1*03:46 HLA-DRB1*03:47 HLA-DRB1*03:48 HLA-DRB1*03:49 HLA-DRB1*03:50 HLA-DRB1*03:51 HLA-DRB1*03:52 HLA-DRB1*03:53 HLA-DRB1*03:54 HLA-DRB1*03:55 HLA-DRB1*04:01 HLA-DRB1*04:02 HLA-DRB1*04:03 HLA-DRB1*04:04 HLA-DRB1*04:05 HLA-DRB1*04:06 HLA-DRB1*04:07 HLA-DRB1*04:08 HLA-DRB1*04:09 HLA-DRB1*04:10 HLA-DRB1*04:11 HLA-DRB1*04:12 HLA-DRB1*04:13 HLA-DRB1*04:14 HLA-DRB1*04:15 HLA-DRB1*04:16 HLA-DRB1*04:17 HLA-DRB1*04:18 HLA-DRB1*04:19 HLA-DRB1*04:21 HLA-DRB1*04:23 HLA-DRB1*04:24 HLA-DRB1*04:26 HLA-DRB1*04:27 HLA-DRB1*04:28 HLA-DRB1*04:29 HLA-DRB1*04:30 HLA-DRB1*04:31 HLA-DRB1*04:33 HLA-DRB1*04:34 HLA-DRB1*04:35 HLA-DRB1*04:36 HLA-DRB1*04:37 HLA-DRB1*04:38 HLA-DRB1*04:39 HLA-DRB1*04:40 HLA-DRB1*04:41 HLA-DRB1*04:42 HLA-DRB1*04:43 HLA-DRB1*04:44 HLA-DRB1*04:45 HLA-DRB1*04:46 HLA-DRB1*04:47 HLA-DRB1*04:48 HLA-DRB1*04:49 HLA-DRB1*04:50 HLA-DRB1*04:51 HLA-DRB1*04:52 HLA-DRB1*04:53 HLA-DRB1*04:54 HLA-DRB1*04:55 HLA-DRB1*04:56 HLA-DRB1*04:57 HLA-DRB1*04:58 HLA-DRB1*04:59 HLA-DRB1*04:60 HLA-DRB1*04:61 HLA-DRB1*04:62 HLA-DRB1*04:63 HLA-DRB1*04:64 HLA-DRB1*04:65 HLA-DRB1*04:66 HLA-DRB1*04:67 HLA-DRB1*04:68 HLA-DRB1*04:69 HLA-DRB1*04:70 HLA-DRB1*04:71 HLA-DRB1*04:72 HLA-DRB1*04:73 HLA-DRB1*04:74 HLA-DRB1*04:75 HLA-DRB1*04:76 HLA-DRB1*04:77 HLA-DRB1*04:78 HLA-DRB1*04:79 HLA-DRB1*04:80 HLA-DRB1*04:82 HLA-DRB1*04:83 HLA-DRB1*04:84 HLA-DRB1*04:85 HLA-DRB1*04:86 HLA-DRB1*04:87 HLA-DRB1*04:88 HLA-DRB1*04:89 HLA-DRB1*04:91 HLA-DRB1*07:01 HLA-DRB1*07:03 HLA-DRB1*07:04 HLA-DRB1*07:05 HLA-DRB1*07:06 HLA-DRB1*07:07 HLA-DRB1*07:08 HLA-DRB1*07:09 HLA-DRB1*07:11 HLA-DRB1*07:12 HLA-DRB1*07:13 HLA-DRB1*07:14 HLA-DRB1*07:15 HLA-DRB1*07:16 HLA-DRB1*07:17 HLA-DRB1*07:19 HLA-DRB1*08:01 HLA-DRB1*08:02 HLA-DRB1*08:03 HLA-DRB1*08:04 HLA-DRB1*08:05 HLA-DRB1*08:06 HLA-DRB1*08:07 HLA-DRB1*08:08 HLA-DRB1*08:09 HLA-DRB1*08:10 HLA-DRB1*08:11 HLA-DRB1*08:12 HLA-DRB1*08:13 HLA-DRB1*08:14 HLA-DRB1*08:15 HLA-DRB1*08:16 HLA-DRB1*08:17 HLA-DRB1*08:18 HLA-DRB1*08:19 HLA-DRB1*08:20 HLA-DRB1*08:21 HLA-DRB1*08:22 HLA-DRB1*08:23 HLA-DRB1*08:24 HLA-DRB1*08:25 HLA-DRB1*08:26 HLA-DRB1*08:27 HLA-DRB1*08:28 HLA-DRB1*08:29 HLA-DRB1*08:30 HLA-DRB1*08:31 HLA-DRB1*08:32 HLA-DRB1*08:33 HLA-DRB1*08:34 HLA-DRB1*08:35 HLA-DRB1*08:36 HLA-DRB1*08:37 HLA-DRB1*08:38 HLA-DRB1*08:39 HLA-DRB1*08:40 HLA-DRB1*09:01 HLA-DRB1*09:02 HLA-DRB1*09:03 HLA-DRB1*09:04 HLA-DRB1*09:05 HLA-DRB1*09:06 HLA-DRB1*09:07 HLA-DRB1*09:08 HLA-DRB1*09:09 HLA-DRB1*10:01 HLA-DRB1*10:02 HLA-DRB1*10:03 HLA-DRB1*11:01 HLA-DRB1*11:02 HLA-DRB1*11:03 HLA-DRB1*11:04 HLA-DRB1*11:05 HLA-DRB1*11:06 HLA-DRB1*11:07 HLA-DRB1*11:08 HLA-DRB1*11:09 HLA-DRB1*11:10 HLA-DRB1*11:11 HLA-DRB1*11:12 HLA-DRB1*11:13 HLA-DRB1*11:14 HLA-DRB1*11:15 HLA-DRB1*11:16 HLA-DRB1*11:17 HLA-DRB1*11:18 HLA-DRB1*11:19 HLA-DRB1*11:20 HLA-DRB1*11:21 HLA-DRB1*11:24 HLA-DRB1*11:25 HLA-DRB1*11:27 HLA-DRB1*11:28 HLA-DRB1*11:29 HLA-DRB1*11:30 HLA-DRB1*11:31 HLA-DRB1*11:32 HLA-DRB1*11:33 HLA-DRB1*11:34 HLA-DRB1*11:35 HLA-DRB1*11:36 HLA-DRB1*11:37 HLA-DRB1*11:38 HLA-DRB1*11:39 HLA-DRB1*11:41 HLA-DRB1*11:42 HLA-DRB1*11:43 HLA-DRB1*11:44 HLA-DRB1*11:45 HLA-DRB1*11:46 HLA-DRB1*11:47 HLA-DRB1*11:48 HLA-DRB1*11:49 HLA-DRB1*11:50 HLA-DRB1*11:51 HLA-DRB1*11:52 HLA-DRB1*11:53 HLA-DRB1*11:54 HLA-DRB1*11:55 HLA-DRB1*11:56 HLA-DRB1*11:57 HLA-DRB1*11:58 HLA-DRB1*11:59 HLA-DRB1*11:60 HLA-DRB1*11:61 HLA-DRB1*11:62 HLA-DRB1*11:63 HLA-DRB1*11:64 HLA-DRB1*11:65 HLA-DRB1*11:66 HLA-DRB1*11:67 HLA-DRB1*11:68 HLA-DRB1*11:69 HLA-DRB1*11:70 HLA-DRB1*11:72 HLA-DRB1*11:73 HLA-DRB1*11:74 HLA-DRB1*11:75 HLA-DRB1*11:76 HLA-DRB1*11:77 HLA-DRB1*11:78 HLA-DRB1*11:79 HLA-DRB1*11:80 HLA-DRB1*11:81 HLA-DRB1*11:82 HLA-DRB1*11:83 HLA-DRB1*11:84 HLA-DRB1*11:85 HLA-DRB1*11:86 HLA-DRB1*11:87 HLA-DRB1*11:88 HLA-DRB1*11:89 HLA-DRB1*11:90 HLA-DRB1*11:91 HLA-DRB1*11:92 HLA-DRB1*11:93 HLA-DRB1*11:94 HLA-DRB1*11:95 HLA-DRB1*11:96 HLA-DRB1*12:01 HLA-DRB1*12:02 HLA-DRB1*12:03 HLA-DRB1*12:04 HLA-DRB1*12:05 HLA-DRB1*12:06 HLA-DRB1*12:07 HLA-DRB1*12:08 HLA-DRB1*12:09 HLA-DRB1*12:10 HLA-DRB1*12:11 HLA-DRB1*12:12 HLA-DRB1*12:13 HLA-DRB1*12:14 HLA-DRB1*12:15 HLA-DRB1*12:16 HLA-DRB1*12:17 HLA-DRB1*12:18 HLA-DRB1*12:19 HLA-DRB1*12:20 HLA-DRB1*12:21 HLA-DRB1*12:22 HLA-DRB1*12:23 HLA-DRB1*13:01 HLA-DRB1*13:02 HLA-DRB1*13:03 HLA-DRB1*13:04 HLA-DRB1*13:05 HLA-DRB1*13:06 HLA-DRB1*13:07 HLA-DRB1*13:08 HLA-DRB1*13:09 HLA-DRB1*13:10 HLA-DRB1*13:11 HLA-DRB1*13:12 HLA-DRB1*13:13 HLA-DRB1*13:14 HLA-DRB1*13:15 HLA-DRB1*13:16 HLA-DRB1*13:17 HLA-DRB1*13:18 HLA-DRB1*13:19 HLA-DRB1*13:20 HLA-DRB1*13:21 HLA-DRB1*13:22 HLA-DRB1*13:23 HLA-DRB1*13:24 HLA-DRB1*13:26 HLA-DRB1*13:27 HLA-DRB1*13:28 HLA-DRB1*13:29 HLA-DRB1*13:30 HLA-DRB1*13:31 HLA-DRB1*13:32 HLA-DRB1*13:33 HLA-DRB1*13:34 HLA-DRB1*13:35 HLA-DRB1*13:36 HLA-DRB1*13:37 HLA-DRB1*13:38 HLA-DRB1*13:39 HLA-DRB1*13:41 HLA-DRB1*13:42 HLA-DRB1*13:43 HLA-DRB1*13:44 HLA-DRB1*13:46 HLA-DRB1*13:47 HLA-DRB1*13:48 HLA-DRB1*13:49 HLA-DRB1*13:50 HLA-DRB1*13:51 HLA-DRB1*13:52 HLA-DRB1*13:53 HLA-DRB1*13:54 HLA-DRB1*13:55 HLA-DRB1*13:56 HLA-DRB1*13:57 HLA-DRB1*13:58 HLA-DRB1*13:59 HLA-DRB1*13:60 HLA-DRB1*13:61 HLA-DRB1*13:62 HLA-DRB1*13:63 HLA-DRB1*13:64 HLA-DRB1*13:65 HLA-DRB1*13:66 HLA-DRB1*13:67 HLA-DRB1*13:68 HLA-DRB1*13:69 HLA-DRB1*13:70 HLA-DRB1*13:71 HLA-DRB1*13:72 HLA-DRB1*13:73 HLA-DRB1*13:74 HLA-DRB1*13:75 HLA-DRB1*13:76 HLA-DRB1*13:77 HLA-DRB1*13:78 HLA-DRB1*13:79 HLA-DRB1*13:80 HLA-DRB1*13:81 HLA-DRB1*13:82 HLA-DRB1*13:83 HLA-DRB1*13:84 HLA-DRB1*13:85 HLA-DRB1*13:86 HLA-DRB1*13:87 HLA-DRB1*13:88 HLA-DRB1*13:89 HLA-DRB1*13:90 HLA-DRB1*13:91 HLA-DRB1*13:92 HLA-DRB1*13:93 HLA-DRB1*13:94 HLA-DRB1*13:95 HLA-DRB1*13:96 HLA-DRB1*13:97 HLA-DRB1*13:98 HLA-DRB1*13:99 HLA-DRB1*13:100 HLA-DRB1*13:101 HLA-DRB1*14:01 HLA-DRB1*14:02 HLA-DRB1*14:03 HLA-DRB1*14:04 HLA-DRB1*14:05 HLA-DRB1*14:06 HLA-DRB1*14:07 HLA-DRB1*14:08 HLA-DRB1*14:09 HLA-DRB1*14:10 HLA-DRB1*14:11 HLA-DRB1*14:12 HLA-DRB1*14:13 HLA-DRB1*14:14 HLA-DRB1*14:15 HLA-DRB1*14:16 HLA-DRB1*14:17 HLA-DRB1*14:18 HLA-DRB1*14:19 HLA-DRB1*14:20 HLA-DRB1*14:21 HLA-DRB1*14:22 HLA-DRB1*14:23 HLA-DRB1*14:24 HLA-DRB1*14:25 HLA-DRB1*14:26 HLA-DRB1*14:27 HLA-DRB1*14:28 HLA-DRB1*14:29 HLA-DRB1*14:30 HLA-DRB1*14:31 HLA-DRB1*14:32 HLA-DRB1*14:33 HLA-DRB1*14:34 HLA-DRB1*14:35 HLA-DRB1*14:36 HLA-DRB1*14:37 HLA-DRB1*14:38 HLA-DRB1*14:39 HLA-DRB1*14:40 HLA-DRB1*14:41 HLA-DRB1*14:42 HLA-DRB1*14:43 HLA-DRB1*14:44 HLA-DRB1*14:45 HLA-DRB1*14:46 HLA-DRB1*14:47 HLA-DRB1*14:48 HLA-DRB1*14:49 HLA-DRB1*14:50 HLA-DRB1*14:51 HLA-DRB1*14:52 HLA-DRB1*14:53 HLA-DRB1*14:54 HLA-DRB1*14:55 HLA-DRB1*14:56 HLA-DRB1*14:57 HLA-DRB1*14:58 HLA-DRB1*14:59 HLA-DRB1*14:60 HLA-DRB1*14:61 HLA-DRB1*14:62 HLA-DRB1*14:63 HLA-DRB1*14:64 HLA-DRB1*14:65 HLA-DRB1*14:67 HLA-DRB1*14:68 HLA-DRB1*14:69 HLA-DRB1*14:70 HLA-DRB1*14:71 HLA-DRB1*14:72 HLA-DRB1*14:73 HLA-DRB1*14:74 HLA-DRB1*14:75 HLA-DRB1*14:76 HLA-DRB1*14:77 HLA-DRB1*14:78 HLA-DRB1*14:79 HLA-DRB1*14:80 HLA-DRB1*14:81 HLA-DRB1*14:82 HLA-DRB1*14:83 HLA-DRB1*14:84 HLA-DRB1*14:85 HLA-DRB1*14:86 HLA-DRB1*14:87 HLA-DRB1*14:88 HLA-DRB1*14:89 HLA-DRB1*14:90 HLA-DRB1*14:91 HLA-DRB1*14:93 HLA-DRB1*14:94 HLA-DRB1*14:95 HLA-DRB1*14:96 HLA-DRB1*14:97 HLA-DRB1*14:98 HLA-DRB1*14:99 HLA-DRB1*15:01 HLA-DRB1*15:02 HLA-DRB1*15:03 HLA-DRB1*15:04 HLA-DRB1*15:05 HLA-DRB1*15:06 HLA-DRB1*15:07 HLA-DRB1*15:08 HLA-DRB1*15:09 HLA-DRB1*15:10 HLA-DRB1*15:11 HLA-DRB1*15:12 HLA-DRB1*15:13 HLA-DRB1*15:14 HLA-DRB1*15:15 HLA-DRB1*15:16 HLA-DRB1*15:18 HLA-DRB1*15:19 HLA-DRB1*15:20 HLA-DRB1*15:21 HLA-DRB1*15:22 HLA-DRB1*15:23 HLA-DRB1*15:24 HLA-DRB1*15:25 HLA-DRB1*15:26 HLA-DRB1*15:27 HLA-DRB1*15:28 HLA-DRB1*15:29 HLA-DRB1*15:30 HLA-DRB1*15:31 HLA-DRB1*15:32 HLA-DRB1*15:33 HLA-DRB1*15:34 HLA-DRB1*15:35 HLA-DRB1*15:36 HLA-DRB1*15:37 HLA-DRB1*15:38 HLA-DRB1*15:39 HLA-DRB1*15:40 HLA-DRB1*15:41 HLA-DRB1*15:42 HLA-DRB1*15:43 HLA-DRB1*15:44 HLA-DRB1*15:45 HLA-DRB1*15:46 HLA-DRB1*15:47 HLA-DRB1*15:48 HLA-DRB1*15:49 HLA-DRB1*16:01 HLA-DRB1*16:02 HLA-DRB1*16:03 HLA-DRB1*16:04 HLA-DRB1*16:05 HLA-DRB1*16:07 HLA-DRB1*16:08 HLA-DRB1*16:09 HLA-DRB1*16:10 HLA-DRB1*16:11 HLA-DRB1*16:12 HLA-DRB1*16:14 HLA-DRB1*16:15 HLA-DRB1*16:16 HLA-DRB3*01:01 HLA-DRB3*01:04 HLA-DRB3*01:05 HLA-DRB3*01:08 HLA-DRB3*01:09 HLA-DRB3*01:11 HLA-DRB3*01:12 HLA-DRB3*01:13 HLA-DRB3*01:14 HLA-DRB3*02:01 HLA-DRB3*02:02 HLA-DRB3*02:04 HLA-DRB3*02:05 HLA-DRB3*02:09 HLA-DRB3*02:10 HLA-DRB3*02:11 HLA-DRB3*02:12 HLA-DRB3*02:13 HLA-DRB3*02:14 HLA-DRB3*02:15 HLA-DRB3*02:16 HLA-DRB3*02:17 HLA-DRB3*02:18 HLA-DRB3*02:19 HLA-DRB3*02:20 HLA-DRB3*02:21 HLA-DRB3*02:22 HLA-DRB3*02:23 HLA-DRB3*02:24 HLA-DRB3*02:25 HLA-DRB3*03:01 HLA-DRB3*03:03 HLA-DRB4*01:01 HLA-DRB4*01:03 HLA-DRB5*01:01 HLA-DRB5*01:02 HLA-DRB5*01:03 HLA-DRB5*01:04 HLA-DRB5*01:05 HLA-DRB5*01:06 HLA-DRB5*01:08N HLA-DRB5*01:11 HLA-DRB5*01:12 HLA-DRB5*01:13 HLA-DRB5*01:14 HLA-DRB5*02:02 HLA-DRB5*02:03 HLA-DRB5*02:04 HLA-DRB5*02:05 H2-IAb H2-IAd H2-IEd
Specify Output
Sort peptides by	Position in sequence MHC prediction score
Output format	XHTML table Text file